浙江天元生物藥業股份有限公司前身是由丁曉航先生於1989創建的余杭醫藥化學試劑實驗廠。1993年公司改名為杭州天元生物藥業公司。
2001年，公司正式設立為浙江天元生物藥業股份有限公司。
2005年公司搬遷至杭州余杭區臨平的新廠區。 出血熱疫苗於1994年投產，流感疫苗於2003年生產，乙腦疫苗於2005年正式投產。從2006年開始興建施工細菌類疫苗車間並於2007年完工。流腦多糖疫苗於2008年正式投產。