審核部門的不同：上市公司非公開發行股票審核部是發行部，發行股份購買資產是上市部（並購重組委）。
禁止行為不同：上市公司非公開發行股票是上市公司或其現任董事、高級管理人員不存在因涉嫌犯罪正被司法機關立案偵查或涉嫌違法違規正被中國證監會立案調查的情形；發行股份購買資產上市公司或其現任董事、高級管理人員不存在因涉嫌犯罪正被司法機關立案偵查或涉嫌違法違規正被中國證監會立案調查的情形。但是，涉嫌犯罪或者違法違規的行為已經終止滿3年，交易方案有助於消除該行為可能造成的不良後果，且不影響對相關行為人追求責任的除外。