港股通投資者應當擁有滬市人民幣普通股賬戶，同時，在試點初期，香港證監會要求參與港股通的內地投資者僅限於機構投資者及證券賬戶及資金賬戶余額合計不低於人民幣50萬元的個人投資者。
在實踐操作中，港股通業務實施投資者適當性管理，由證券公司根據中國證監會與香港證監會在聯合公告中明確的準入資格標準，以及上交所相關業務規則的規定，核定參與港股通投資者的資質，並要求投資者在了解投資風險的前提下完成必要的手續。
基於兩地市場規則差異和投資者權益保護的考慮，滬港通業務相關規則對投資者的交易方式做出壹定的調整。主要包括：
壹是滬港通向雙方投資者僅提供限價類型訂單，兩地投資者均不可以進行市價委托；
二是有關回轉交易遵循對方交易所規則，即香港投資者買入滬股通股票當日不得賣出，內地投資者買入港股通股票當日可以賣出；
三是滬股通和港股通都禁止裸賣空行為；
四是不參加大宗交易，即內地投資者不得參與香港市場的對盤系統外交易（相當於大宗交易），香港投資者也不參與滬市A股的大宗交易。