由於這種估值方法是建立在預期未來現金流量和折現率的基礎上的，因此在未來現金流量為正，未來現金流量的發生時間能夠可靠地估計，並能確定適當的折現率的情況下更為適用。在以下情況下，該方法得出的估值結果不合適或需要調整，投資者在參考研究人員的估值和定價時應予以關註。
1.財務困難的上市公司。
2.周期性回報高的公司。
3.正在重組的公司。
4.有閑置資產的公司。
市盈率和市凈率的估值屬於相對估值，相對估值法簡單易用，可以快速獲得被評估資產的價值，特別是在金融市場上有大量“可比”資產交易，且市場對這些資產定價正確的情況下。但用這種方法進行估值，容易出現偏差。主要原因是:選擇“可比公司”是壹個主觀概念，世界上沒有兩家公司在風險和成長性上完全壹樣；同時，這種方法通常忽略了決定資產最終價值的內在因素和假設；此外，這種方法容易將“可比公司”的錯誤定價(高估或低估)引入目標股票的估值中。如果用歷史數據進行比較，計算偏差往往是由於企業狀況的變化造成的。