因為自來水中的氯可以和生水中殘留的有機物相互作用，所以患膀胱癌和直腸癌的幾率會成倍增加。所以自來水燒開3 ~ 5分鐘最合適，亞硝酸鹽、氯化物等有害物質含量最低。
在1974中，荷蘭Rook和美國Belier首次發現用余氯和余氯消毒的水中存在三鹵甲烷(THMS)和氯仿等消毒副產物(DBPS)，且具有致癌性和致突變性。20世紀80年代中期，發現了另壹種鹵乙酸(HAAS)，它具有更大的致癌風險。例如，氯仿、二氯乙酸(DCH)和三氯乙酸(TCA)的致癌風險分別是氯仿的50倍和100倍。截至目前，隨著科技的進步，水源中已檢出2221種有機汙染物，自來水中已發現65種，其中致癌物20種，致突變物56種。
為了保證自來水符合安全衛生要求，避免水傳播傳染病，在凈水過程中應向自來水中加入消毒劑，以滅活水中的病原微生物。氯氣因其性價比高，被廣泛應用於國內水處理行業。
余氯作為壹種有效的殺菌方法，仍被世界上80%以上的水廠所采用。