對於股票期權，分行權前轉讓、行權、行權後轉讓三個階段。
A行權前轉讓
對因特殊情況，在行權日之前將股票期權轉讓的，以股票期權的轉讓凈收入，作為工資薪金所得征收個人所得稅。
B行權
行權時，其從企業取得股票的實際購買價（施權價）低於購買日公平市場價（指該股票當日的收盤價，下同）的差額，是因員工在企業的表現和業績情況而取得的與任職、受雇有關的所得，應按“工資、薪金所得”適用的規定計算繳納個人所得稅。
應納稅額=（股票期權形式的工資薪金應納稅所得額／規定月份數×適用稅率-速算扣除數）×規定月份數
股票期權形式的工資薪金應納稅所得額=（行權股票的每股市場價-員工取得該股票期權支付的每股施權價）×股票數量
上款公式中的規定月份數，是指員工取得來源於中國境內的股票期權形式工資薪金所得的境內工作期間月份數，長於12個月的，按12個月計算。