自營是指JD.COM自己從合夥人那裏拿貨，然後自己建倉庫，自己儲存。如果貨物售出，他會通過自己自建的物流配送，自負盈虧。
對於官方旗艦店來說，就是商家入駐電商平臺JD.COM，通過支付壹定的費用來銷售自己，壹般是通過第三方物流。有兩種，壹種是品牌商家與JD.COM簽約，通過其他快遞銷售發貨，另壹種是通過JD.COM倉銷售發貨，壹般是品牌官方旗艦店，但問題還是不太大。
擴展數據:
官方旗艦店是壹千多個品牌的官方旗艦店，包括女裝、時尚男裝、精品鞋包、美妝、珠寶、戶外運動、數碼家電、家居生活、名家家紡、家裝、圖書、音像、母嬰用品、食品保健、情趣成人用品等。
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參考資料:
百度百科-官方旗艦店