1、市場層級不同
全國中小企業股份轉讓系統 即“新三板”屬於OTC場外市場（三板市場），2006年成立於北京中關村。
上海股權托管交易中心非上市股份有限公司股份轉讓系統即“E板”屬於OTC場外市場（三板市場）。
2、投資群體不同
新三板：機構投資者，個人投資者（分別為不低於500萬和300萬的資產證明）。
E板：機構投資者、個人投資者（不低於50萬的資產證明）。
3、業績要求不同
新三板：無盈利要求，但主營業務突出，有持續經營能力。由於全國放開，會對企業有潛在的財務要求。
E板：無盈利要求，業務基本獨立，有持續經營能力。
4、轉板通道不同
新三板：可轉板，但要修改證券法，轉板形式大於實質，空中樓閣。
E板：可轉板，上海股權交易中心股東為上海證券交易所，中國證券登記結算有限公司（中登公司），但要修改證券法，轉板形式大於實質，空中樓閣。不推薦轉板，只要企業在這個市場上能融到發展所需的資金，比去哪裏都實在
百度百科-新三板
上海股權托管交易中心-股份轉讓系統（E板）/科技創新板（N板）掛牌公司非公開發行股票業務流程