性質不同:流通股可以在二級市場交易；因為總股本中含有非流通股，所以在非流通股解禁前，總股本不能在二級市場交易。
包含關系不同:總股本包括流通股本和非流通股本(限售股)，可由投資個人或投資機構持有；流通股可以只是總股本的壹部分，包括可以在二級市場交易的股份。如果出現a股市場總股本與流通股本相等的現象，說明該股處於全面解禁狀態；如果有非流通股，說明市場上還有部分沒有解禁(解禁意味著股改後部分非流通股可以在市場流通)。
不同定義:總股本是指上市公司發行的資金總額，主要包括流通股本和非流通股本；流通股本是指上市公司在交易所流通的股份總數，以及已發行並可在二級市場交易的股份。非流通股是指不能上市交易的股份數量。