1.企業層次不同。選擇層要求企業有突出的經營業績或較強的創新能力才能達到較高的公示級別，創新層要求企業有較好的財務狀況或較高的市場認可度才能達到壹定的公示級別，基礎層要求企業滿足基本上市條件而不要求公示。
2.交易機制不壹樣。精選層采用連續競價方式，增減幅度為30%。創新層采用25次集合競價或做市方式，基礎層采用5次集合競價或做市方式。
3.投資門檻不壹樣。創新層在十個交易日內所選層的最低投資門檻達到65，438+000 W時即可開啟，投資門檻中等。基礎層的投資門檻在十個交易日日均資產達到150 W時可以打開，在十個交易日日均資產達到200w時可以打開。
對於普通專業投資者和機構來說，大部分都是申請100w W最低資金要求的精選層。
“新三板”市場原指中關村科技園區未上市股份公司為試點轉板進入代辦股份系統。由於掛牌公司均為高新技術企業，不同於原轉板系統的摘牌公司和原STAQ、網系統的掛牌公司，因此被形象地稱為“新三板”。新三板的意義主要是針對公司，會給企業和公司帶來巨大的利益。新三板不再局限於中關村科技園區的未上市股份公司，也不局限於天津濱海、武漢東湖、上海張江的未上市股份公司，而是面向未上市股份公司的全國性股權交易平臺，主要面向中小企業。2019年初有消息稱，證監會全面支持新三板市場發展的文件即將出臺，包括分層等制度安排。這將是證監會首次對新三板發展做出全面部署。
2019，19年10月25日，證監會宣布從優化發行融資制度、完善市場分層等五個方面對全國中小企業股份轉讓系統(簡稱新三板)進行全面改革。改革後，將允許符合條件的創新型企業向不特定合格投資者公開發行股票。同時，設立精選層並在精選層上市壹定時間且符合交易所上市條件和相關規定的企業，可直接轉板上市。2020年4月23日《公開募集基金投資新三板詳細指引》近日出臺，對新三板公開投資的參與人、投資範圍、流動性風險管理等方面進行了詳細規定。