六個月後，在大西洋海底，艾達潛入壹艘潛艇。在此之前，她找了壹個通信員，和曾經共事過的美國國家安全顧問西蒙斯取得了聯系。他吊起艾達的胃口，讓她去檢查潛艇，潛艇裏有據說對她很重要的信息。在與敵人戰鬥後，艾達發現了壹條任務信息，要求她在六個月前去伊多尼亞帶回雪莉和傑克，但她自己從未收到過任務。西蒙斯告訴阿達，戰爭就要開始了，美國和中國會相繼發生生化襲擊，這將改變世界秩序。潛艇在戰鬥中受損，艾達乘坐逃生艙在潛艇爆炸沈沒前撤離。
美國高橡樹城壹所大學遭遇生化襲擊。方圓三裏感染了C病毒，範圍迅速擴大。本福特總統也被感染了，變成了僵屍。裏昂被迫向總統開槍。探員海·梁藝責怪自己造成了這場悲劇。裏昂很困惑。海梁藝告訴他和她壹起去教堂了解真相。胡尼根的遠程操作幫助他們壹路殺到壹個武器庫，那裏有很多平民。武器店老板的朋友開著校車帶他們去教堂，教堂已經成為難民集中點。然而，這位朋友的駕駛技術很差。校車撞上喪屍後翻車掉下懸崖起火爆炸。只有裏昂和海梁藝活了下來，他們向教堂走去。艾達逃離潛艇後也尋找高橡樹教堂的線索，當她找到裏昂時有些驚訝。
萊昂斯在海·梁藝的慫恿下，打開了通往教堂地下的隧道。壹只醜陋的猛獁象跑出了隧道。猛獁象釋放C病毒氣體感染平民。萊昂斯意識到病毒是通過猛獁象傳播的。經過壹番戰鬥，裏昂和海梁藝進入了地下實驗室。裏昂發現了壹段名為“伊達生日快樂”的視頻，開頭是“伊達計劃”。畫面中，壹個“伊達”從繭裏鉆了出來，畫面的最後，出現了壹個戴著俗不可耐的大金戒指的男人的手。裏昂懷疑是海·梁藝帶他來看錄像的，但海·梁藝否認了這壹點。她帶領裏昂繼續前進。他們在地下洞穴裏發現了壹個女人。這個女人就是海的妹妹:黛博拉。他們和黛博拉壹起撤離了。途中，黛博拉的身體變成了壹個繭，即將變異時被沖過來的艾達用十字弓射中了頭部。裏昂很驚訝艾達竟然在這裏，海被裏昂制止，因為艾達開槍打死了自己的妹妹，還拿槍指著艾達。
洞穴開始坍塌，艾達說她有話要說。他們三人壹起撤離，途中被黛博拉攔截，更準確的說是被變異成蜘蛛精靈的黛博拉攔截。三人聯手與蜘蛛精黛博拉戰鬥。黛博拉在掉下懸崖前被海抓住，看著她面前的妹妹。海梁藝哭著松手，看著黛博拉在深淵中翻滾。海發誓要讓幕後的人回來。她告訴裏昂和艾達，西蒙斯在安排總統警衛時威脅黛博拉的生命是為了削弱總統安全圈，但她沒想到事情會變成這樣。伊達接到通訊器的呼叫後突然離開了。胡尼根聯系了裏昂和海倫娜。他們想告訴胡尼根註意西蒙斯。沒想到西蒙斯把被高大橡樹襲擊的廁所扣在他們頭上。
另壹方面，阿達接到的電話其實是西蒙斯打來的，他讓阿達去教堂的地下實驗室。艾達去了那裏，看到了“艾達生日快樂”的視頻，但是她註意到了萊昂沒有註意到的細節。那是戴著金戒指的男人的手。聯想到和西蒙斯在潛艇上的對話，艾達註意到了這個問題。和她接觸過的西蒙斯，並不是真正的西蒙斯，因為西蒙斯和他背後的“家族”勢力，壹直在維護著他們所創造的世界秩序，他們是不可能打破規則的。視頻中糾正西蒙斯的證據太明顯，有故意在視線上傳遞的嫌疑。聯系她的“西蒙斯”其實是視頻中的另壹個角色:“阿達”。“伊達”掙紮著讓伊達知道自己的存在。她的目的是摧毀西蒙斯和她的家人創造的世界秩序，她打算憑借與艾達壹模壹樣的外表，把廁所放在真正的艾達頭上。艾達說要陪她到最後，然後聯系了真正的西蒙斯，告訴他艾達的復制品失控了，計劃毀滅世界。
西蒙斯嚇壞了，匆忙離開。裏昂和海梁藝終於逃出了山洞。結果他們目睹了空軍戰機向高橡樹城投下核彈的壹幕，高橡樹城迎來了和浣熊市壹樣的結局。在還來得及感到震驚之前，胡尼根告訴他們，西蒙斯在接到壹個電話後離開美國前往中國藍翔。裏昂和海聽到這個消息後也決定前往中國市。
皮爾斯找到了因為愛奧尼亞事件頹廢了半年的克裏斯，勸說他回到BSAA，因為他收到了中國遭受生化襲擊，需要有經驗的人領導幹預的情報。但是當BSAA軍隊來到藍翔城時，它已經淪陷了。克裏斯接到任務，帶人到壹棟建築裏營救被劫持為人質的聯合國人員，在那裏遇到了“吉瓦洛”。經過壹番戰鬥，他們以大量人員傷亡為代價救出了人質。面對犧牲的隊友克裏斯的記憶，他開始搜尋關於“伊達”的目擊者報告，發誓要讓“伊達”回來(克裏斯並不知道自己在追假伊達)。
在被關押了六個月後，雪莉和傑克終於忍受不了在老鼠身上做血液抗體研究的感覺，決定逃跑。他們發現自己在中國藍翔的壹個研究所裏。雪莉聯系了她的上級，告訴他們還活著，上級讓他們去觀塘大廈見西蒙斯。傑克抓起壹輛摩托車，帶著雪莉上了高速公路，頭頂上跟著壹架直升機，後面跟著幾個騎著摩托車的“吉瓦洛”。殺死“吉瓦洛”後，傑克·雪莉被直升機逼上了絕路，卻碰巧遇到了正在追趕“伊達”的克裏斯和皮爾斯。克裏斯和其他人幫助了他們。皮爾斯認為他們應該被留下，但克裏斯說首要目標是銷毀生物武器。
在飛往中國藍翔的途中，飛機突然遭遇事故。裏昂和海發現船長已經變成了壹頭猛獁。壹番打鬥後，猛獁從貨艙摔下飛機。當他們回到機艙時，發現所有的乘客都被感染了。在克服了所有困難後，胡尼根遠程指令裏昂駕駛飛機。艾達通過收聽BSAA電臺來到藍翔市追蹤“艾達”。結果，她第壹次到達時遇到的第壹個障礙竟然是電鋸男。電鋸男大概是被艾達迷住了，在後面追她，從住宅區趕上了公交車，又趕上了輕軌線。艾達在鐵軌上困住了電鋸男，讓火車撞上了電鋸男。伊達上了火車，向“伊達”所在地駛去。巧合的是，電鋸男正好倒在雪莉和傑克旁邊，經過壹番打鬥，他們殺死了電鋸男。
Leon Wan(胡)Mei(聒噪)駕駛飛機墜毀在集裝箱碼頭，全過程被Ada Jack Shirley目擊。海·梁藝，裏昂，傑克遇見雪莉。雪莉把傑克的信息給了利昂(她沒有告訴他那是傑克的信息)，說這是贏得戰爭的關鍵。她還告訴裏昂，他們將會見西蒙斯。萊昂警告雪莉要小心，然後他們立即會見了綁架者。經過壹番打鬥，這四個人兩兩分開了。
克裏斯、皮爾斯等人根據情報追蹤“伊達”，“伊達”又成功了。皮爾斯註意到克裏斯情緒不穩，決定緊緊跟隨克裏斯，防止其行為失控。克裏斯·皮爾斯、裏昂和海·梁藝循著線索來到壹個廢棄的研究所，找到了伊達。克裏斯試圖殺死艾達，但裏昂阻止了他，艾達無序駕駛逃脫。裏昂要求克裏斯不要殺“伊達”(裏昂此時還不知道是假伊達)，克裏斯同意了。然後克裏斯和皮爾斯開車追趕艾達，萊昂和海梁藝去了西蒙斯和雪莉的匯合點。
雪莉和傑克在去集合點的路上遇到了另壹個電鋸男。追著艾達的艾達幫助他們。然後，根據廣播，她得知艾達正前往南部港口，所以她駕駛壹艘摩托艇追趕。萊昂·海·梁藝和西蒙斯在觀塘大廈相遇，西蒙斯打算殺死他們，並指示“家族”成員開槍。然而，其中壹名“吉瓦洛”出現了，並在西蒙斯拍攝了壹個強化的C病毒制劑，西蒙斯滑倒在輕軌列車上，裏昂和海緊隨其後。雪莉和傑克在逃跑的路上被吉瓦洛抓住了。
在火車上，西蒙斯說出了高橡樹事件的真相，因為總統想揭露浣熊市事件的真相，讓美國掃地，破壞世界秩序。為了維持他眼中的平靜，西蒙斯通過猛獁把c病毒放在了高橡木中。西蒙斯說著，變異成了壹條爆龍，三個人在火車上打了起來。這個“家庭”的成員想乘直升機去營救西蒙斯，但當事情變得糟糕時，他們告訴裏昂和海·梁藝不要去招惹西蒙斯。西蒙斯在連續攻擊下被火車擊中，裏昂和海在火車出軌前跳入海灣。
克裏斯、皮爾斯和艾達跟著艾達來到新保護傘下的壹艘航空母艦。艾達來到壹間小屋，找到壹個行李箱，裏面有西蒙斯的錄音，“艾達計劃”的研究資料，以及卡拉的實驗室所在的四星塔的位置信息。艾達終於搞清楚了來龍去脈。西蒙斯迷戀阿達，但是阿達因為他在處理浣熊市事件中的冷血行為，停止了和西蒙斯的聯系。西蒙斯想讓阿達回來，於是親自炮制了“阿達計劃”，利用c病毒可以重塑感染者身體特征的特性對其進行改進，然後復制出壹個服從他的“阿達”。研究用的本體是西蒙斯的研究主管卡拉，暗戀她。卡拉變成了“阿達”，失去了作為卡拉的記憶。但後來她逐漸恢復了記憶。她得知自己只是真正的阿達的替身，策劃了這場陰謀。是她成立了“新保護傘”組織，卡拉是壹切的始作俑者。
克裏斯和皮爾斯把“阿達”(卡拉)推到甲板邊緣。卡拉告訴他們，這種情況不能結束，壹枚C病毒導彈已經準備好發射到藍翔市。此時“家族”成員乘直升機從空中射殺卡拉，卡拉從甲板上跌落至水底身亡。聽到響聲的艾達出來查看，目睹了卡拉墜落的壹幕。
克裏斯和皮爾斯發現，卡拉的行李箱裏只剩下壹個原本存放三種增強型c病毒制劑的地方(其中壹種在西蒙斯身上使用過)。克裏斯要求總部動員支援摧毀航母的導彈發射架。因為城市感染，需要等待重要增援，而航母又有高射炮，根本無法支撐。克裏斯和皮爾斯決定去航母機庫弄架戰鬥機自己動手。
艾達來到底艙查看卡拉的遺體，感嘆卡拉的遭遇，並表示深深的同情。然而卡拉臨死前給自己註射了增強版C病毒，她起死回生，漸漸變成了水泥怪物。她明確表示對艾達充滿了愛，現在她不僅想毀滅世界，還想殺死艾達，取而代之。當卡拉開始攻擊阿達時，阿達迅速躲開了。透過艙口，艾達意識到自己誤會了。她面前的怪物根本不是卡拉。真正的卡拉變成艾達的時候已經死了，所以艾達對著那堆冒泡的水泥說:“安息吧，卡拉。”
然而水泥怪物卡拉並不領情，她的身體不斷膨脹，填滿了整艘航母。最後被阿達用液氮殺死。然後阿達回到甲板上，抓起壹架直升機向四星塔飛去。克裏斯駕駛戰機升空，打掉了航母的高射炮，為增援提供了便利。兩人都嘗試過任何阻止導彈發射的方法，但都失敗了，c病毒導彈還是發射了。
裏昂和海梁藝在擺脫西蒙斯後停在太子港碼頭。胡尼根告訴裏昂，雪莉和傑克被抓住，並被送到壹個海上鉆井平臺。裏昂在查看雪莉給出的資料時，驚訝地發現傑克其實是韋斯特科特的兒子，他的血液抗體可以制造疫苗。裏昂聯系了最近的BSAA成員克裏斯。克裏斯大聲要求裏昂離開。海梁藝看著天空。壹枚導彈劃破夜空，飛向藍翔並爆炸了。C病毒氣體湧出，幾萬人瞬間被感染。利昂告訴克裏斯傑克生活的真相，並要求克裏斯帶人去救傑克和雪莉。克裏斯答應了，並告訴利昂，艾達已經死了，利昂沈默了。
後來，裏昂和海去了四星塔尋找幸存者。途中被喪屍圍攻。伊達及時飛過來幫裏昂解圍，以為伊達死了裏昂不解。後來裏昂和海走了高架路，想坐直升機去四星塔，但是直升機駕駛員也變成了喪屍。在裏昂毀滅性的駕駛技術下，直升機墜毀在四星塔，再次遇到沒有被火車撞死的西蒙斯。艾達再次乘飛機抵達，與四人對峙。
分不清理想與現實的西蒙斯認為這個艾達就是他的復制品，在壹聲咆哮中揭露了半年前關於愛奧尼亞的真相。原來，艾達在潛艇上發現的她並不知道的任務指令，其實是西蒙斯給“艾達”(卡拉)安排的。西蒙斯要求卡拉活捉傑克和雪莉，以阻止疫苗開發，但卡拉擅自將傑克和雪莉帶到藍翔市的研究所，用他們血液中的病毒抗體開發增強型C病毒，以報復西蒙斯和艾達。經過壹番戰鬥，三人合力擊退西蒙斯，艾達飛上四星塔頂，裏昂和海走上去。
不過，爆龍西蒙斯還活著。他襲擊了裏昂和海梁藝。當阿達發現後，他主動引起西蒙斯的註意，讓裏昂和海有時間逃走。但是艾達被西蒙斯撞倒，暈倒了。裏昂見妻子被欺負，便回到阿達身邊，喚醒阿達。他們壹起再次擊退了西蒙斯。艾達說她已經先行壹步，用通訊器給裏昂發了壹條短信，說她在屋頂上給妳們兩個留了壹份大禮。海梁藝力勸裏昂去追阿達，但出於對阿達的信任，裏昂拒絕了。
裏昂和海來到四星塔頂，發現了阿達的直升機。駕駛艙裏有阿達留下的火箭筒和壹個專門給她的眼影盒，裏面有西蒙斯和卡拉的證據，可以證明大家的清白。裏昂終於意識到誰才是真正的阿達。這時，席夢思竟然復活了，變成了壹只體型超過XXXL的巨蠅。在中國俚語裏，叫“三事”。這場決戰西蒙斯最終被裏昂的火箭筒擊倒。西蒙斯摔到四星塔上，被廣場中央的尖銳裝飾刺穿。西蒙斯的血流淌在地板上，逐漸形成了傘的標誌。欣賞完這壹幕，裏昂和海梁藝飛走了。
艾達來到卡拉的實驗室，發現卡拉竟然在瞞著西蒙斯做壹個更骯臟的實驗。為了得到壹個聽話的西蒙斯，卡拉竟然利用“阿達計劃”的技術制作了壹個西蒙斯的復制品。面對這種不人道、不道德的行為，壹向冷靜、只想銷毀實驗室裏與她有關的研究資料的艾達也憤怒了。她摧毀了西蒙斯的孵化繭，用槍摧毀了實驗室，然後把通訊器扔向火堆，轉身離去。
克裏斯和皮爾斯到達鉆井平臺，克裏斯放棄了。他想讓皮爾斯抵制橫幅。他們又壹次聽到了“伊達”的聲音。這是卡拉事先準備好的錄音。她制定了防止計劃失敗的最後措施。克裏斯解除了雪莉和傑克的鎖，觸發了警報。雪莉和傑克遇到了克裏斯和皮爾斯，克裏斯告訴傑克他是傑克父親的敵人，在是非面前傑克並沒有失控。眾人壹震，擡頭壹看，發現壹個超大的孵化繭正在破繭而出，壹只長著腦袋的章魚破繭而出。克裏斯發現這是阿達口中的最後壹招。克裏斯和皮爾斯留下，雪莉和傑克逃脫了。皮爾斯被章魚弄掉了壹只胳膊，克裏斯也被他抓住了。為了救克裏斯，皮爾斯給自己註射了在航母上得到的增強型C病毒制劑，把自己變成了閃電俠，救了克裏斯。鉆井平臺即將坍塌，克裏斯帶著皮爾斯建造了壹個逃生艙。皮爾斯拒絕了，於是他把克裏斯推進去封住艙門，把克裏斯彈射出去。長著人頭的章魚見克裏斯逃跑就追了過去。閃電俠皮爾斯終於出大招，用人頭電暈了章魚。長著人頭的章魚在鉆井平臺上和皮爾斯壹起葬身深海，克裏斯得救了。傑克和雪莉再次遇到了綁架他們的人。這壹次，傑克有了壹點想法，煮熟的捕獲者，所以他們可以逃脫。
這場戰鬥之後，克裏斯終於從戰友死亡的陰影中走了出來。海對總統的死亡沒有責任，為了保護有關各方，調查報告沒有公開。所有關於傑克血液抗體的研究資料都被轉移到了聯合國的研究小組，傑克的生活信息作為絕密資料被永久封存。傑克不再只是為了錢而戰。他意識到信仰是人生中最值得為之奮鬥的。從那以後，他為弱者而戰。