註銷庫存股因為借貸方都是所有者權益科目，所以是內部變動，總額不變的 。
按照2006年10月財政部頒布的《企業會計準則應用指南》的相關規定，“庫存股”作為權益類科目，用來核算公司收購的尚未轉讓或註銷的本公司股份金額，其特性與未發行的股票類似，沒有投票權和分配股利的權利。
借：股本-資本公積-盈余公積-未分配利潤
貸：庫存股
買進時，所有者權益就減少了，減少部分為庫存股。實際註銷庫存股時，股本和庫存股同時減少，不會引起所有者權益總額變動。
擴展資料庫存股的主要賬務處理。
①企業為減少註冊資本而收購本公司股份的，應按實際支付的金額，借記本科目，貸記“銀行存款”等科目。
②企業為獎勵本公司職工而收購本公司股份的，應按實際支付的金額，借記本科目，貸記“銀行存款”等科目，同時做備查登記。
③企業將收購的股份獎勵給本公司職工屬於以權益結算的股份支付，如有實際收到的金額，借記“銀行存款”科目，按根據職工獲取獎勵股份的實際情況確定的金額，借記“資本公積——其他資本公積”科目，按獎勵庫存股的賬面余額，貸記本科目，按其差額，貸記或借記“資本公積——股本溢價”科目。
④股東因對股東大會作出的公司合並、分立決議持有異議而要求企業收購本公司股份的，企業應按實際支付的金額，借記本科目，貸記“銀行存款”等科目。
⑤轉讓庫存股，應按實際收到的金額，借記“銀行存款”等科目，按轉讓庫存股的賬面余額，貸記本科目，按其差額，貸記“資本公積——股本溢價”科目;為借方差額的，借記“資本公積——股本溢價”科目，股本溢價不足沖減的，應借記“盈余公積”、“利潤分配——未分配利潤”科目。
⑥註銷庫存股，應按股票面值和註銷股數計算的股票面值總額，借記“股本”科目，按註銷庫存股的賬面余額，貸記本科目，按其差額，借記“資本公積——股本溢價”科目，股本溢價不足沖減的，應借記“盈余公積”、“利潤分配——未分配利潤”科目。比如說企業回購股票進行減資，就是需要註銷庫存股。
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