所謂股權分置改革，就是法人股由非流通股向流通股轉變過程中，法人股與流通股股東之間的需求與利益平衡。即在承認流通股權利的條件下，法人股轉化為流通股的過程中，法人股股東向流通股股東支付權利差價，實現全流通條件下的同股同權同價。由於流通股的股價高於非流通股，所以非流通股獲得流通股的條件是通過協商向流通股股東讓渡部分利益，這就是對價。很顯然，對價是非流通股股東為了獲得流通權而向流通股股東轉讓的利益，這也是股權分置改革的核心內容。在實踐中，對價的計算是復雜多變的。對價的支付方式可以是股權或現金。
例如，假設某公司總股本15000萬股，其中國有股和法人股非流通股100萬股，流通股5000萬股；其調整後每股凈資產為2元，流通a股日均價為3.5元。
如果公司全部非流通股以向流通股股東配股的方式全流通，那麽公司流通a股市值為:3.5元×5000萬= 1.75(億元)；非流通股的分配價格為(有的考慮市值):2元× 100萬= 2(億元)；向流通股股東全部配股後的非流通股價值為:1.75+2 = 3.75(億元)；那麽全流通除權後每股市場價格為:3.75億元÷1.5億股= 2.5元/股。
在這裏，非流通股股東不能直接向二級市場出售股份，只能以2元的價格全部配售給流通股股東，實現全流通。全流通後，股價2.5元。因此，兩者之間的差額，即每股0.5元，合計差額5000萬元(0.5元× 100萬)應補償給流通股股東，然後非流通股即可流通。
從以上分析可以看出，對於支付對價的非流通股股東來說，應該是對流通股股東的壹種股權轉讓或資本補償，本質上是壹種增加投資成本的支出行為，而對於獲得對價的股東來說，則是壹種接受補償並獲得收益的行為。所以在稅收上，主要涉及資產產權轉讓應繳納的印花稅和收入支出中涉及的企業所得稅兩種稅。
根據《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於股權分置改革試點有關稅收政策的通知》(財稅[2005]103號)文件規定，接受對價補償的流通股股東可暫免繳納企業所得稅和個人所得稅。同時，雙方因非流通股股東向流通股股東支付對價，暫免征收股權轉讓印花稅。