神舟飛船的軌道艙是圓柱形的。為了使軌道艙在單獨飛行時獲得動力，在軌道艙兩側安裝了太陽能電池翼，每個太陽能翼除三角形外的面積為2.0×3.4米。軌道艙自由飛行時，可提供0.5千瓦以上的功率。軌道艙尾部有四組小型推進發動機，每組四個，為飛船提供輔助推力和軌道艙分離後保持軌道運動的能力；軌道艙靠近返回艙的壹側有壹個圓形艙門，為航天員進出軌道艙提供通道。但艙口最大直徑只有65厘米，只有身手敏捷、受過特殊訓練的人才能自由進出。艙門上方有壹個軌道艙的觀察窗。
返回艙返回後，軌道艙相當於地球觀測衛星或空間實驗室，它將在軌停留半年左右。利用軌道艙是中國航天器的壹大特色。俄美航天器軌道艙和返回艙分離後，壹般廢棄。尺寸:長2.00米，直徑2.40米(不含隔熱層)。
神舟飛船的返回艙呈鐘形，有壹個與軌道艙相通的艙門。把它放回艙內飛船的指揮和控制中心，有供三名宇航員傾斜的座位，宇航員可以在起飛、上升和返回階段乘坐這些座位。座椅前部下方是儀表盤、手動操縱桿和光學瞄準器等。，顯示飛船上最後壹個系統的機械設備狀態。航天員通過這些儀器進行監控，必要時控制飛船上系統機械設備的工作。軌道艙和返回艙都是密閉艙，有環境控制和生命保障系統，保證艙內充滿大氣壓下的氧氮混合氣體，溫度和濕度調節到人體適宜的範圍，保證航天員在整個飛行任務過程中的生命安全。
此外，機艙內還安裝了主降落傘和備用降落傘兩個降落傘，用於著陸。神舟好號飛船返回艙側壁上有兩個圓形窗口，壹個供航天員觀察窗外的景象，另壹個供航天員操作光學瞄準鏡觀察地面上行駛的飛船。返回艙的底座是金屬架密封結構，上面安裝著返回艙的儀器設備。底座又輕又結實，保護返回艙在返回地面進入大氣層時不被熾熱的大氣灼傷。尺寸:長3.05米，直徑2.50米，底部直徑2.80米。
神舟的推進艙也叫設備艙，呈圓柱形，裏面裝有推進系統的發動機和推進劑，為飛船提供調整姿態和軌道以及制動減速所需的動力，以及電源、環控和通信系統的部分設備。兩側各有壹對太陽能翼，太陽能翼的面積除三角形部分外為2.0×7.5米。加上前軌道艙的電池翼，產生的功率將是聯盟號的3倍，平均超過1.5 kW，幾乎相當於富康AX新浪潮汽車的電源提供的功率。這些電池翼除了提供大量的電力外，還可以圍繞連接點旋轉，這樣無論航天器如何運動，都能始終保持最佳方向以獲得最大的電力，省去了大量“向太陽傾斜”的機動動作，使航天器在保證太陽電池陣朝向太陽的同時，也能持續觀測地球。
設備艙的後部是飛船的推進系統。主推進系統由四臺大型主發動機組成，位於推進艙底部中央。四對用於姿態修正的小推進器分別布置在推進艙側裙周圍，說它們比主推進器小，比其他輔助推進器大很多。此外，推進艙裙外還有壹個小型輔助螺旋槳。附加段也稱為過渡段，用於為將來與另壹個航天器或空間站的交會對接做準備。在載人飛行和交會對接之前，他還可以安裝各種儀器進行太空探索。
現階段對於附加段的設備還沒有官方介紹，但是有業內人士進行了大膽的推測，比如:其中壹個半環裝置應該是用來安裝方形儀器的。而三個相互垂直且可延伸的0.4m的探頭被認為是導航系統或對接系統的壹部分。因為美國的阿波羅飛船上也有類似的裝置用於對接。神舟飛船軌道艙前端可能裝有俄羅斯對接系統。不過這些設備可能只是實驗性的，未來與空間站對接時肯定會被新的對接系統取代。