5元100股股票手續費是12元。根據上海證券交易所和深圳證券交易所證券交易經手費收費標準，股票的手續費是以下這三項，具體算法如下：
1、印花稅，只有買入時征收，賣出時不征收都是0.1%，但不足5元按5元收，比如只買100股五元股票，印花稅只有539x0.1%=0.539，但也要收5元。
2、傭金，傭金是買入和賣出時都要征收，但有上限是0.3%每次，按用戶購買的的資金量預估，是按最高征收0.3%，所以539x0.3%=1.6，同樣也要收5元，賣出時也要5元。
3、過戶費，每1000股收1元，不足1元按1元收，要買賣時都征收，因此500股總***2元，手續費總***是5+5+2=12元。
買賣股票的手續費是按股票的成交金額來計算的，不是按照成交的股數來計算的，現在證券公司的手續費壹般能低到萬分之三，也就是壹萬元成交額可以交手續費三元，但門檻值是五元，也就是手續費算出來低於五元的，都按五元交，手續費算出來高於五元的，按算出來的金額交。
股票手續費通常是由傭金、印花稅、過戶費組成的，印花稅和過戶費是由國家制定的固定的，傭金是由投資者和證券公司***同協商決定，每個人的傭金可能不壹樣，所以傭金沒有壹個固定的標準，需要在知道傭金以及股票價格的基礎上才能得出手續費是多少。
用戶需註意，同壹類別的每壹份股票所代表的公司所有權是相等的。每個股東所擁有的公司所有權份額的大小，取決於其持有的股票數量占公司總股本的比重。