由於股份有限公司采用的是發行股票的方式籌集股本，發還股款時，則要回購發行的股票，發行股票的價格與股票面值可能不同，回購股票的價格也可能與發行價格不同，會計處理較為復雜。股份有限公司因減少註冊資本而回購本公司股份的，應按實際支付的金額，借記“庫存股”科目，貸記“銀行存款”等科目。註銷庫存股時，應按股票面值和註銷股數計算的股票面值總額，借記“股本”科目，按註銷庫存股的賬面余額，貸記“庫存股”科目，按其差額，沖減股票發行時原記入資本公積的溢價部分，借記“資本公積——股本溢價”科目，回購價格超過上述沖減“股本”及“資本公積——股本溢價”科目的部分，應依次借記“盈余公積”、“利潤分配——未分配利潤”等科目。如果回購價格低於回購股份所對應的股本，所註銷庫存股的賬面余額與所沖減股本的差額作為增加股本溢價處理，按回購股份所對應的股本面值，借記“股本”科目，按註銷庫存股的賬面余額，貸記“庫存股”科目，按其差額，貸記“資本公積——股本溢價”科目。
另壹方面，上市公司有可能以回購的股票來進行股份支付。企業以回購股份形式獎勵本企業職工的，屬於權益結算的股份支付。企業回購股份時，應按回購股份的全部支出作為庫存股處理，同時進行備查登記。按照《企業會計準則第11號——股份支付》的規定，企業應當在等待期內每個資產負債日按照權益工具在授予日的公允價值，將取得的職工服務計入成本費用，同時增加資本公積(其他資本公積)。在職工行權購買本企業股份時，企業應轉銷交付職工的庫存股成本和等待期內資本公積(其他資本公積)累計金額，同時，按照其差額調整資本公積(股本溢價)。
[例1]新南方公司2008年12月31日的股本為20000萬股，每股面值為1元，資本公積——股本溢價5000萬元，盈余公積300萬元。經股東大會批準，甲公司以現金回購本公司股票3000萬股並註銷。
(1)假定每股回購價為0.8元，回購時：
借：庫存股
2400
貸：銀行存款
2400
註銷時：
借：股本
3000
貸：庫存股
2400
資本公積——股本溢價
600
(2)假定每股回購價為2元，回購時：
借：庫存股
6000
貸：銀行存款
6000
註銷時：
借：股本
3000
資本公積——股本溢價3000
貸：庫存股
6000
(3)假定每股回購價為3元，回購時：
借：庫存股
9000
貸：銀行存款
9000
註銷時：
借：股本
3000
資本公解——股本溢價
5000
盈余公積
1000
貸：庫存股
9000
[例2]A公司為壹上市公司。2009年1月1日，公司向其200名管理人員每人授予100股股票期權，這些職員從2009年1月1日起在該公司連續服務3年後，即可以每股5元的價格購買100股A公司股票。公司估計該期權在授予日的公允價值為18元。第壹年有20名職員離開A公司，A公司估計三年中離開的職員的比例將達到20%;第二年又有10名職員離開公司。公司將估計的職員離開比例修正為15%;第三年又有15名職員離開。
(1)2009年1月1日，A公司按照該公司市場價格6元/股，回購2萬股股票作為庫存股，以待以後股票期權行權時使用：
借：庫存股
120000
貸：銀行存款
120000
對於股票期權授予日，按照會計準則規定不做賬務處理。
(2)2010年12月31日：
累計費用=當期費用=200×100×(1-20%)×18×1/3=96000(元)
借：管理費用
96000
貸：資本公積——其他資本公積
96000
(3)2011年12月31日：
累計費用=200×100×(1-15%)×18×2/3=204000(元)
當期費用=204000-96000=108000(元)
借：管理費用
108000
貸：資本公積——其他資本公積
108000
(4)2012年12月31日：
累計費用=155×100×18=279000(元)
當期費用=279000-204000=75000(元)
借：管理費用
75000
貸：資本公積——其他資本公積
75000
(5)假設全部155名職員都在2013年12月31行權，A公司股份面值為1元：
借：銀行存款
77500
資本公積——其他資本公積
279000
貸：庫存股
15500
資本公積——資本溢價
341000
庫存股的賬面仍有104500元未作處理，A公司可另作他用。