征稅的理由是，個人所得稅法相關法律法規並未對上述所得規定免稅。由於法律層面沒有明確的免稅規定，在前述蘇寧環球公司私募案例中，征收依據是《個人所得稅法》及其實施條例。因此，免除自然人股東在企業重組和並購業務中的納稅義務，在法律上沒有依據。我們可以從《大連市地方稅務局關於加強自然人股東註銷重組個人所得稅管理的通知》(迪達水寒〔2009〕212號)中分析解讀部分基層稅務機關的征管思路。該文件規定，企業在合並或分立時選擇按財稅[2009]59號文件進行特殊稅務處理的，應納稅所得額=[期末企業留存收益+期末企業資本公積+(轉讓資產公允價值-轉讓資產計稅基礎)×(非股權支付金額÷轉讓資產公允價值)]×應納稅所得額
不征稅的原因是個人所得稅是按收付實現制征稅的。如果自然人股東在重組業務中屬於股權支付行為，即以其持有的股權作為對價參與重組，未變現是否合理納稅？舉個極端的例子，壹個自然人股東僅以個人資產(以股權形式)收購另壹個企業，但被收購企業短期內無法受益，自然人股東無法實現被收購企業的股權轉讓。如果認定自然人股東有納稅義務，稅務機關可以收稅嗎？即使法律認為自然人股東有納稅義務，但從納稅必要資金原則出發，至少應采取延期納稅義務的方式，自然人投資收回、轉讓或清算股權有收入的，應照章征收個人所得稅。
筆者認為，在重組業務中，由於財稅[2009]59號文件適用範圍的限制，自然人不能適用相關稅務處理規定。但自然人股東是否有納稅義務，需要分情況討論。自然人股東在股權收購、資產收購中以股權形式支付對價的，稅務機關因其股權的公允價值，按照“財產轉讓所得”項目繳納個人所得稅。雖然國稅函[2011]89號文只針對上市公司，但股權出資的操作可以被稅務機關理解為股權轉讓，所以即使國稅函[2011]89號文不適用於非上市公司，稅務機關根據個人所得稅法及其實施條例的規定，要求對轉讓所得征收個人所得稅，似乎也是合理的。企業合並，無論是新設合並還是吸收合並，被合並企業及其股東都應按清算處理所得稅，稅務機關可按“財產轉讓所得”項目繳納個人所得稅。如果企業發生分立，如果原股東和持股比例沒有發生變化，自然人因為既沒有清算，也沒有財產轉移，所以沒有納稅義務；如果在分割過程中股東和持股比例發生變化，就有被稅務機關征稅的風險。
建議
在稅務機關繼續加強股權轉讓所得個人所得稅管理的背景下，自然人股東需要慎重考慮重組業務涉及的納稅義務。納稅人最好在做出業務重組決策前，在專業服務機構的協助下，提前與主管稅務機關充分溝通，避免不確定性帶來的涉稅風險。我們也希望財政部和國家稅務總局能夠充分考慮企業股東和自然人股東在重組並購業務中所得稅繳納義務的協調性和壹致性，盡快對參與企業重組的自然人，特別是符合特殊稅務處理條件的自然人給予同等的遞延納稅待遇。