位於西班牙某地的薩拉薩爾家族城堡附近，壹個名叫Los Illuminados的邪教利用寄生蟲Las Plagas進行秘密的宗教活動。此後薩拉薩爾家族第壹代城主攫取了邪教的統治權並將寄生蟲全部深埋在城堡附近的地底。
1960年
非洲古迪帕亞遺跡中的菊科植物“太陽階梯”中發現壹種古代病毒，病毒能使生物體基因變異，失去意識，並且擁有極強的生命力和抵抗力。這種病毒命名為“始祖病毒”，始祖病毒母體樣本誕生。
1977年
9月19日 幹部養成所。新病毒的研究終於有了成效，在將病毒與水蛭DNA結合後達到了馬庫斯預期的突破，馬庫斯將其命名為“T”病毒。為了完善病毒，馬庫斯決定放棄嚙齒類動物作為研究對象，而改用哺乳類動物，必要時就以人為實驗對象。11月15日，馬庫斯發現有人暗中調查他的研究，並猜到是斯賓塞所為。
1978年
2月11日 實驗室入口遭到破壞，馬庫斯求助於他的得意門生威廉·柏金和阿爾伯特·威斯克並且為了奪得主動權而在董事會上公布了“T”病毒。不料斯賓塞早有準備，並指示威廉和威斯克殺掉馬庫斯。 6月3日 馬庫斯在研究病毒時被闖進來的特種部隊開槍擊斃。屍體被沖入下水道。然而水蛭女王的病毒附到他身上，馬庫斯在無人知曉的情況下以二十年時間復活。 7月31日 對馬庫斯事件起到重要作用的兩人前往阿克雷研究所擔任主要研究員，他們是18歲的全才阿爾伯特·威斯克與16歲的天才威廉·柏金。馬庫斯死亡後，兩人便接手“T”病毒的研究。
1981年
7月27日 年僅10歲的天才少女阿萊克茜亞·亞希福特從大學畢業。阿萊克茜亞被Umbrella分配到南極研究所。由於阿萊克茜亞的存在，導致威廉·柏金幾乎瘋掉。在過去的3年中“T”病毒的研制基本完成，只有近10％的人能免疫，所有人都滿足於此成果時，斯賓塞卻命令繼續研究，直到開發出能毀滅世界的生物兵器，幾乎沒人知道斯賓塞的目的。威廉受到巨大沖擊，瘋狂的使用浣熊市的市民進行試驗。
1991年
威廉·柏金向公司提出了最新的G病毒，斯賓塞批準開發。麗莎被註射了始祖病毒，以至後來所有的病毒在她身體裏都能融合並不斷變異，甚至吸收了Nemesis。威廉正是從麗莎身體中提取出了“G”病毒。“G”的特性是使基因變異，導致宿主的身體結構和細胞結構全部發生改變。而威斯克早已不再關心病毒，他爭取到前往浣熊市警局當臥底的機會，暫時脫離了Umbrella。
1996年
壹度面臨解散的特殊戰術及救援特勤部隊S.T.A.R.S(Special Tactics And Rescue Servico)在浣熊市重組，由阿爾伯特·威斯克擔任隊長。
1998年
5月初 在1978年死於Umbrella內部鬥爭的馬庫斯博士的屍體在水蛭女王和“T”病毒雙重影響下重生，以雌雄同體的水蛭人的身份恢復意識，並發誓報復Umbrella。 5月11日 在馬庫斯的破壞下阿克雷研究所，幹部養成所，地下研究所等地相繼發生病毒泄漏事故，工作人員和實驗生物相繼被感染。阿克雷研究所新主任約翰（John）死亡。 5月14日 浣熊市廢棄物處理工廠系統完成。該系統利用特殊瓦斯，化學溶劑與焚化爐來分解各種生化兵器的細胞並銷毀處理。5月20日，阿克雷山區發生第壹例生化怪物攻擊人類事件。 5月21日 Umbrella研究員發表最新醫學論文，提及在阿克雷山區發現的三種同種異形草藥，分別命名為“綠色草藥，紅色草藥，藍色草藥”。 5月27日 目擊大型犬型怪物的消息越來越頻繁。 6月初 運往廢棄物處理工廠的屍體急劇暴增，無法正常處理。 6月16日 大量生化怪物出沒於阿克雷山區。7月9日，警方封鎖部分森林，並考慮派遣S.T.A.R.S進入山區。 7月中旬 實驗體處理工廠已無法處理大量感染者屍體，工人們暴露在病毒下工作，並有不少員工出現輕微感染癥狀。Umbrella認為浣熊地區病毒泄漏事件已無法控制，決定嚴守秘密，並防止S.T.A.R.S和州警介入。 1998年
7月23日 20時 馬庫斯博士指揮大批水蛭襲擊了Umbrella的客車，車內乘客全部死亡。 22時 浣熊市警局特殊部隊S.T.A.R.S的Bravo小隊乘坐直升機前往阿克雷山區調查情況，出發後不久受到不明武器襲擊墜毀，和浣熊市警局失去聯系。在樹林中，Bravo小隊新成員瑞貝卡·查姆伯斯（Rebecca·Chambers）發現了壹輛嚴重損毀的憲兵車，比利·科恩下落不明。隊長恩裏克下令就地搜索幸存者。搜查中，瑞貝卡發現了Umbrella的客車，前往調查時瑞貝卡遇到比利·科恩。鑒於情況危險，比利提出合作，瑞貝卡勉強答應。阿爾伯特·威斯克和威廉·柏金早幹部培訓所指揮Delta小隊將列車開走並撞毀它。瑞貝卡和比利及時從列車中逃出。馬庫斯博士通過監視器告訴威斯克和威廉他之所以復活就是為了要報復Umbrella的所有人，包括他們兩人。威斯克和威廉意識到Umbrella大勢已去，兩人便商量脫離Umbrella。威廉為了強化“G”病毒離開了幹部培訓所，而威斯克則按原計劃將S.T.A.R.S引進洋館。瑞貝卡和比利在幹部養成所裏遭遇重重危險，但都壹壹解除。期間比利還救過瑞貝卡，瑞貝卡發現比利並不像傳說中那樣殘暴。兩人分頭行動，瑞貝卡消滅了壹具暴君試作型，並和比利來到壹個布滿水蛭的大房間，等待他們的正是馬庫斯。兩人經過配合，終於消滅了馬庫斯，炸毀了幹部培訓所。瑞貝卡承諾不會在報告中提到比利，比利非常感激，在山崖上告別後，瑞貝卡按照指示前往洋館。小隊成員愛德華·杜威已確認死亡，其余成員全數進入洋館。 7月24日淩晨 威斯克以支援Bravo小隊為由，帶領Alpha小隊進入阿克雷山區。當Alpha小隊降落並展開搜索後，隊員約瑟夫·弗羅斯特（Joseph·Frost）遭到變異喪屍狗的攻擊不幸殉職，其余成員退往洋館。之後威斯克射殺了了解到真相的Bravo小隊隊長恩裏克，並以巴裏·波頓（Barry·Burton）的妻女要挾巴裏。克裏斯·雷德菲爾德（Chris·Redfield）在洋館中找到身受重傷的Bravo小隊成員理查德·艾肯（Richard·Alken），理查德為救克裏斯被變異大蛇吃掉，克裏斯中毒，被趕來的Bravo小隊成員瑞貝卡所救。吉爾·瓦倫汀（Jill·Valentine）來到森林中的小屋，遇到了女性實驗體麗莎，同時發現了鬼鬼祟祟的巴裏。吉爾正疑惑巴裏的所作所為時，麗莎蘇醒並攻擊兩人。吉爾相信了巴裏並合力對付麗莎。當麗莎母親的棺材被打開後麗莎悲鳴著跳入山崖。當吉爾和巴裏經過深入調查來到洋館深處的秘密實驗室時看到了威斯克正操縱著電腦。巴裏突然用槍指著吉爾，威斯克冷笑著告訴吉爾巴裏妻女的性命都在他手上。吉爾才明白威斯克是Umbrella的人。正當威斯克要解決掉吉爾時巴裏的正義感促使他救下吉爾。威斯克冷笑著打開了身後巨大的容器。容器中淡綠色的液體漸漸褪去，露出了壹個身高3米的人型怪物。這就是Umbrella研制的高級戰鬥生命體“Tyrant”（暴君）完成型。皮膚灰白，肌肉強碩，身形巨大，鋒利的巨爪壹揮便打碎了硬度極高的強化玻璃。威斯克此時已服用了威廉給他的藥物，只要讓暴君殺死他他就會進入假死狀態並給Umbrella以死亡的假象。當暴君逼近他時他毫無畏懼，幾乎是及其興奮的面對著即將到來的死亡。暴君壹爪捅進他的身體，劇痛之下威斯克不禁倒在地上。然而吉爾，巴裏和趕來會合的克裏斯拼盡全力擊倒了暴君。 7月25日淩晨 在洋館中歷經了地獄般的24小時的吉爾，克裏斯，巴裏來到天臺上等待救援直升機的到來。就在此時暴君卻拼死追了過來，並且變得異常狂暴，3人都受了傷。趕來救援的S.T.A.R.S成員布拉德·維克斯（Brad·Vickers）將S.T.A.R.S允許攜帶的最強武器火箭筒扔給克裏斯，克裏斯用它徹底消滅了暴君並啟動了洋館的自爆裝置後會合瑞貝卡乘坐布拉德駕駛的直升機逃離洋館。
1998年
9月29日 以最優異的成績從警校畢業的年輕警官裏昂·斯科特·肯尼迪（Leon·Scott·Kennedy）來到浣熊市上任；克裏斯的妹妹克萊爾·雷德菲爾德（Clare·Redfield）為了尋找哥哥的下落也來到了浣熊市。然而迎接兩人的卻是無數瘋狂嗜血的喪屍。兩人相遇後***同尋找逃出浣熊市的出路。在警署克萊爾發現了克裏斯的日記，了解到哥哥為了不讓她擔心已瞞著她獨自前往歐洲調查Umbrella的情況。在警局二樓克萊爾發現了壹個被喪屍追趕的小女孩，克萊爾便去救援。裏昂在壹個停車場裏遇見了華裔女子艾達·王（Ada·Wong）。兩人逃離了壹段時間後發現壹個金發女子，女子轉身就逃，兩人去追，不料金發女子卻開槍射擊兩人，裏昂為救艾達受了傷。艾達繼續追擊，在壹個小屋裏艾達未註意時被金發女子把槍打掉。女子告訴艾達她是威廉·柏金的妻子，安奈特·柏金。她向艾達講述了威廉的研究成果被Umbrella的人奪走而註射病毒變成怪物的經過，她發誓要為丈夫報仇。艾達在這時暴起發難，將安奈特推下了樓梯。另壹邊克萊爾在警局密室裏發現了警察局局長艾隆斯。在艾隆斯的藝術收藏品室發現了小女孩，威廉的女兒雪莉。雪莉告訴克萊爾有個比喪屍更可怕的怪物正在前來的路上。然而她並不知道那個怪物正是她的父親：威廉。威廉註射了“G”病毒後失去理智，成為了怪物。威廉不斷追趕血親女兒雪莉。克萊爾帶著雪莉回到密室，發現艾隆斯已經離去。此時，在地下室裏，威廉將壹團從自己身上分泌的病毒塊塞進了艾隆斯的嘴裏。克萊爾發現後想要除掉威廉，然而艾隆斯卻用槍威脅克萊爾不準靠近。剛才被塞進艾隆斯嘴裏的怪物快速成長，並從艾隆斯的身體裏沖了出來。克萊爾奮力消滅了那個生物後帶著雪莉逃跑。雪莉失足掉進下水道。威廉找到雪莉並給雪莉感染了“G”病毒後離去。在隧道裏克萊爾找到了雪莉，就在此時威廉再度出現並瘋狂襲擊克萊爾，克萊爾拼死擊退威廉。另壹方面，裏昂和艾達兩人同樣遭到威廉的襲擊，艾達受傷，裏昂苦戰擊退威廉。裏昂為救艾達去尋找出路和解藥。卻又遇見受了傷的安奈特，安奈特以為裏昂也是Umbrella的間諜，她告訴裏昂艾達其實她也是Umbrella的間諜。安奈特正要動手殺裏昂時屋子壹陣劇烈的震動，安奈特被掉落的鐵管擊中昏迷。裏昂從她身上拿到“G”病毒。這時艾達出現，向裏昂討要“G”病毒。裏昂才痛苦的發現艾達真的是Umbrella的間諜。兩人相持壹會兒後艾達屈服了。就在他們準備搭乘逃生列車逃離時，Umbrella空投在浣熊市內的“Tyrant-002”（暴君改-002型）出現。艾達為救裏昂被暴君殺死。翻身掉下鐵橋。研究所自爆裝置被暴君擊中開始倒數。裏昂狂怒之下奮力消滅了暴君。傷心之際裏昂將“G”病毒扔下鐵橋。不久後，掉落在下水道內的“G”病毒被Umbrella特種部隊成員漢克（Hunk，第四幸存者）找到並回收。過了幾小時，安奈特再遇克萊爾，並企圖使用研制成功的病毒疫苗使早已變成怪物的威廉變回人。但是失去人性的威廉殘忍殺害了安奈特。克萊爾從安奈特身上得到了疫苗合成方法，於是決定為雪莉配壹劑。撤退途中，威廉再度襲擊他們。威廉從G1進化到G5，最終還是被克萊爾擊倒。裏昂，克萊爾，雪莉三人搭乘火車逃出了浣熊市。另壹邊，吉爾苦於逃脫追蹤者（Tyrant-203型）的追殺。途中，S.T.A.R.S成員布拉德·維克斯被追蹤者所殺。吉爾在逃亡途中遇到了Umbrella生化危機特別應變部隊成員（U.B.C.S）卡洛斯·奧利維拉（Carlos·Oliveira）、隊長米克魯（Michael·Victor）、烈哥拉（Nicolaiginovaef）。眾人開動電車逃走，追蹤者再度迫近，米克魯為救卡洛斯和吉爾，用手榴彈和追蹤者同歸於盡。電車出故障，在鐘樓停下。追蹤者尾隨而至，吉爾受重傷，並感染了病毒。卡洛斯拼死擊倒追蹤者。卡洛斯為救吉爾，前往醫院取藥，卻發現烈哥拉實際是Umbrella的監視員，負責收集各種B.O.W的數據。卡洛斯和吉爾了解到明天早上將有壹枚核彈將摧毀整個浣熊市。在廢物處理工廠追蹤者被硫酸腐蝕後被處理掉。然而，在實驗體銷毀工廠追蹤者變異成為巨大的爬行生物，並且執著的襲擊著吉爾，吉爾用威力強大的電磁炮轟碎了追蹤者。最終卡洛斯和吉爾搭乘直升機逃離了浣熊市。 10月1日 美國政府為了杜絕後患，於十月壹日晨投放了壹枚核彈進行滅菌作戰。整個浣熊市及周邊區域被夷為平地，10萬人在此次生化危機事件中死亡，史稱浣熊地區生化危機事件。艾達·王被投靠至謎之組織“H.C.F”的前S.T.A.R.S隊長阿爾伯特·威斯克的救助下復活。威斯克從威廉的屍體上回收了“G”病毒，並和艾達壹起在滅菌作戰前逃離浣熊市。 10月9日 席那島刑務所的囚犯計劃集體越獄。 10月10日 囚犯們企圖奪槍越獄。席那島司令賓賽德下令將逃犯全數槍殺。 10月11日 賓賽德將席那島囚犯越獄事件以集體自殺的方式向Umbrella高層匯報。 10月中旬 美國中央情報局（CIA）和裏昂·斯科特·肯尼迪取得聯系，以雪莉和裏昂的性命做要挾，迫使裏昂接受了CIA賦予的秘密任務。 11月22日 賓賽德將T病毒散播到席那島街道上，並偽裝成病毒泄露的意外。 11月25日 受好友裏昂委托潛入席那島的亞克（Yark）拼死消滅了殺死了賓賽德的超級暴君（S-Tyrant），並連同幸存者洛特·克萊（Lott·Klein）和莉莉·克萊(Lily·Klein)逃離席那島。席那島因為賓賽德啟動的自爆裝置而爆炸，並沈入海底。 12月12日 為了尋找克裏斯而侵入Umbrella巴黎分公司的克萊爾被逮捕並送往位於南太平洋的洛克福德島軍事訓練所遭到監禁。 12月27日 謎之組織H.C.F得知阿萊克茜亞·亞希福特和維羅尼卡病毒出現在洛克福德島，便命令阿爾伯特·威斯克率領特殊部隊前往奪取。威斯克在轟炸過程中造成病毒泄漏。克萊爾借機逃出監獄，並與年輕犯人斯蒂夫（Steve）相遇。在大廳裏，阿爾弗雷德·亞希福特偽裝成阿萊克茜亞的樣子襲擊克萊爾。後來，斯蒂夫為救克萊爾忍痛射殺了變成喪屍的父親。在阿爾弗雷德的寢室，克萊爾再壹次被阿爾弗雷德襲擊，斯蒂夫幫克萊爾解了圍。阿爾弗雷德氣急敗壞，啟動了自爆裝置，並將漢克早先運送來的暴君釋放，命令它殺掉克萊爾。克萊爾和斯蒂夫搭乘飛機逃離裏洛克福德島，然而阿爾弗雷德操縱飛機飛往南極基地。暴君隨即出現，克萊爾與斯蒂夫合力將暴君打下飛機。來到南極基地後斯蒂夫射傷了阿爾弗雷德。垂死之際，阿爾弗雷德喚醒了沈睡的阿萊克茜亞後死亡。克裏斯收到裏昂的信息後為救克萊爾也前往洛克福德島，卻遇到了本以為早已死亡的威斯克。威斯克痛恨克裏斯等人，瘋狂的攻擊克裏斯。但了解到阿萊克茜亞在南極基地後丟下克裏斯前往南極基地。克裏斯尾隨而至，救了克萊爾。克萊爾隨後前往尋找斯蒂夫，卻發現斯蒂夫被阿萊克茜亞註射了維羅尼卡病毒，變異成為怪物。瘋狂的攻擊克萊爾之後，因為對克萊爾的愛，斯蒂夫強行恢復理智，變回人類，死在了克萊爾懷裏。威斯克找到阿萊克茜亞並向她討要維羅尼卡病毒。阿萊克茜亞和威斯克壹交手便打跑了威斯克。克裏斯和克萊爾即將逃離南極基地之際阿萊克茜亞追至，並變身為巨大的蟻後般的怪物。克裏斯消滅了阿萊克茜亞並引爆了南極基地。威斯克則回收了斯蒂夫身上感染的維羅尼卡病毒。
2002年
和裏昂壹起接受特工訓練的戰友傑克·克勞撒（Jack·Krauser）在壹次直升機事故中遇害身亡。實際上他借此機會投靠了阿爾伯特·威斯克。此時，世界三大巨頭的公司合並，由迷之組織引導，成為三聯公司。它涉及到生物醫藥、礦產開發、工業兵器生產三個領域。阿爾伯特·威斯克加入三聯公司。
2004年
薩德勒的研究員路易斯·賽納（Luis·Sera）發現了教主的野心並且意識到自己的力量不足，於是向曾經的同學約翰求救。收到求救信息的卻是艾達。克勞撒為了取得薩德勒的信任而綁架了美國總統的女兒阿什莉·格雷厄姆（Ashley·Graham）。此後，完成了特工訓練已經成為總統私人保鏢的裏昂·斯科特·肯尼迪受命前往西班牙救援總統千金。威斯克為了取得寄生蟲樣本，派遣艾達前來協助克勞撒。裏昂在村莊裏受到暴民的圍攻，艱苦脫險後擊倒村長進入城堡。裏昂重遇艾達，兩人卻形同陌路。阿什莉被城主拉蒙·薩拉查送往遙遠孤島上的軍事基地，裏昂則與城主開戰，裏昂擊倒城主，與艾達壹同前往孤島。裏昂遇到了兩年前在事故中喪生的傑克·克勞撒，並與之壹戰，最終打倒了克勞撒。救下被教主薩德勒抓住的艾達後裏昂與艾達協力擊倒了薩德勒，艾達回收了寄生蟲樣本後啟動了自爆裝置，裏昂與阿什莉乘坐救生艇逃脫，孤島沈入海中。而路易斯為了幫助裏昂被薩德勒殺死。艾達吧寄生蟲樣本交給了阿爾伯特·威斯克。此時威斯克已經成為三聯公司的首席。此後數年，三聯公司繼Umbrella繼續開發T病毒和G病毒，並將Las Plagas用病毒該良，使其擁有更高的攻擊能力，可以在青年人身上寄體，使寄主失去理智，但擁有更高的智能和攻擊意識。
2005年
美國政府事後迫於輿論壓力凍結了Umbrella的資產，Umbrella的股票也壹蹶不振，最終破產。同年，浣熊地區生化危機事件幸存者之壹克萊爾·雷德菲爾德在哈弗維爾的機場等人，不料警察在人群中發現了壹名喪屍，隨後警察也被感染，機場壹片混亂。接著，壹架飛機緊急著陸，撞毀了機場大廳，從飛機上下來的全是喪屍。而今晨美國參議院的壹名參議員正好在這個機場準備離開，同樣被困。於是白宮派遣7年前生化危機事故的幸存者，同時也是總統直屬特工的裏昂·斯科特·肯尼迪前往協助特種部隊應對危機。策劃這起事件的是7年前親人在浣熊市被害的柯提斯·米勒（Curtis·Miller），他得到了“G”病毒。他的要求是美國政府公開7年前事故的真相。在註射了“G”病毒之後，柯提斯瘋狂攻擊裏昂和自己的妹妹，在特種部隊服役的安吉拉·米勒（Angela·Miller）。最終裏昂和安吉拉協力擊敗柯提斯，與克萊爾壹起逃出並且炸毀了大樓。三聯公司礦業分
2008年
克裏斯·雷德菲爾德加入了美國政府成立的生化恐怖主義安全評估聯盟（BSAA），並且被派往西非調查當地疑似種族沖突的事件。 克裏斯來到西非無名小鎮，此地在三國交界的活火山上。他遇見謝娃·阿洛瑪（Sheva·Alomar）。壹開始當地的居民均是十分健康，但隨著火山的爆發，居民漸漸成為類似於喪屍的怪物。而這些人們變成怪物的原因居然是被Las Plagas II（Las Plagas二代）寄體，克裏斯和謝娃陷入苦戰。他們經過礦區，在壹個兩層樓高的休息室遇見黑軍火商埃爾文，就在克裏斯準備詢問埃爾文時，埃爾文被壹個戴面具的黑衣女子（Jill）帶走。克裏斯和謝娃經過原始部落，到達三聯公司的礦場碼頭，再次遇見埃爾文。經過壹番水上追逐後，克裏斯和謝娃登上埃爾文的遊艇。埃爾文在無奈中註射了Las Plagas與河馬基因合成體的蟲卵，進化成了巨型BOSS。雖然怪物的外殼十分堅固，但在克裏斯和謝娃的努力下殺死了埃爾文。隨後，遊艇開到了壹個山洞裏。克裏斯和謝娃沒想到，Umbrella竟然在這地下深處建造了巨型實驗基地。克裏斯在實驗轉盤上找到了吉爾的實驗罐，但吉爾不在裏面。在Umbrella的地下花壇中克裏斯竟發現了Umbrella的紅白傘標記。後來阿爾伯特·威斯克和吉爾竟同時出現攻擊克裏斯。原來數月前的壹次任務吉爾為救克裏斯和威斯克壹同飛下山崖，沒想到威斯克竟然控制了吉爾。經過壹番惡戰，克裏斯最終將吉爾身上的控制器拔除，並且和謝娃壹同與威斯克開戰。威斯克被正面擊中，克裏斯趁機把抑制威斯克力量的藥劑註射進威斯克的身體，威斯克頓時失去了大部分力量，轉身跳進飛機準備撤退。克裏斯和謝娃緊隨其後追進飛機。在飛機裏，威斯克再次挑戰兩人。克裏斯將飛機大門打開，威斯克和謝娃均被強大的氣流卷住，威克斯和謝娃即將飛出去，克裏斯奮不顧身的沖上前抓住謝娃，但威克斯又抓住了謝娃的腿，克裏斯壹槍將威克斯打下飛機。最終飛機撞毀在壹處火山旁。威斯克憤怒的打開生化罐，瘋狂地攻擊兩人。最終克裏斯和謝娃憑借極其默契的配合將威斯克打到熔巖裏，並乘坐吉爾叫來的直升機壹起逃離火山。就在即將離開時，威斯克垂死掙紮的用觸須纏住飛機，克裏斯和謝娃壹人拿起壹把火箭筒，對準威斯克轟了過去，威斯克被埋在了熔巖之下，克裏斯，謝娃和吉爾逃離當地。
（刪去了部分無關緊要的情節，以上便是生化危機1~5的劇情）