股票清算是指將股票買賣的數量和金額分別抵消，然後通過證券交易所交付凈差額股票或價格的程序。
上交所和深交所采用的登記結算制度不同。上交所是“集中清算、集中登記”模式；深交所是“集中清算，分散註冊”的模式。深交所的清算分為兩級:第壹級清算在深圳註冊公司和本地券商之間進行，期間需要本地註冊機構作為中介；證券公司與委托其買賣的投資者之間進行二次清算。另壹方面，上交所采用三級清算方式:壹級清算是指異地資金集中清算中心與上海證券中央登記結算公司進行的區域性凈額清算；二次清算是證券公司與異地資金集中清算中心之間的本地凈額結算；三級清算是指投資者與證券公司之間的資金清算。由於采用的市場模式不同，兩個證券交易所的清算業務在具體辦理過程中有些不同。
對於投資者而言，在上交所和深交所，清算交割的程序與券商相同。具體程序是證券營業部在委托交易後的第二個交易日(俗稱T+1)公告交易。投資者可以依據此公告，也可以通過證券公司報價系統自行查詢。確認自己的委托已經完成後，就可以去證券營業部的交割櫃臺進行交割了。交割單的內容包括交易的證券名稱、交易筆數、交易時間、交易價格、交易前投資者資金余額、交易後資金余額和交易後清算金額等。投資者應妥善保存送貨單，以備參考。