1919年，粵軍決定回桂，孫中山派孫克赴澳以特派員名義設辦事處，策動廣東軍隊起義。馮昭賢任督察長，策動海軍起義，參加第三團“奪船”行動，負責奪取炮艦“顧江”。7月15日，馮兆賢等人與顧江艦上的內部人員取得聯系，準備在午夜奪取該艦。然而，在下午10左右，壹群得知行動計劃的綠林人提前搶劫了河東大堤的船只。馮昭賢等人認為計劃暴露，不得不取消行動。雖然奪船未果，但馮昭賢與孫克在粵海軍的心腹陳策建立了密切聯系，並取得了孫克的信任。
1920年8月，閩粵援軍奉命返回廣東，將廣西軍閥趕回廣西。同年6月165438+10月，孫中山從上海回到廣州，恢復軍政府，宣布繼續護法。1921四月，在廣州舉行的國民議會非常會議上，孫中山當選為中華民國非常總統。
1922年4月27日，由於派系鬥爭和政治分歧，保護者艦隊內部矛盾日益尖銳。孫中山采取了果斷措施。孫中山下令以武力重組福建軍官控制的護航艦隊，並派廣東水魚雷局局長溫樹德、長洲炮臺司令陳策組織敢死隊，攻占包括海七、海深、等各種船只。馮昭賢與陳策壹起負責奪取駐守省江的永豐等淺水炮艦，發揮了重要作用。
馮昭賢從4月1中午11: 30到下午4: 00，保護者艦隊的11戰艦全部被敢死隊俘虜。“奪船”行動成功後，孫中山發布了兩項命令。壹個是任命文樹德為海軍艦隊司令，孫祥福為海軍陸戰隊司令，馬伯麟為廣東常州要塞司令，陳策為廣東海防艦隊司令。二是任命了達摩艦隊的艦長，包括永豐號艦長馮兆賢。
作為該船的第五任船長，他比前四任船長更年輕，資歷更淺。馮昭賢升任永豐隊長，主要是因為他與陳策的關系以及對孫中山的忠誠，他的忠誠很快得到了進壹步的證明。
1922年6月6日深夜，反對孫中山北伐的陳炯明發動公開叛亂，派兵攻打總統府和孫中山在廣州的住所觀音山。陳炯明背叛革命、總統出事的消息傳到永豐艦後，艦上官兵要求炮擊叛軍陣地。經馮兆賢艦長勸阻，經各艦艦長協商，決定整個海軍艦隊采取壹致行動。由於事先得到密報，孫中山在警衛的掩護下安全逃出總統府。從越秀樓到達天子碼頭，連夜登上鮑比船，然後轉戰永祥船，文樹德的船。溫樹德壹直與陳炯明秘密交往。馮昭賢得知孫中山登上永祥艦後感到不安，於是為了保證孫中山的人身安全，他打算將孫中山從永祥艦登上永豐艦。
6月17日早晨，馮昭賢突然登上永祥艦，說永豐艦上官兵情緒激動，要單槍匹馬進攻叛軍陣地。請總統登船勸阻，以便統壹協調海軍艦艇的行動。情急之下，孫中山只好答應上船做工作。孫中山登上永豐艦時，發現永豐艦上聚集了許多船長。馮昭賢這才解釋了大家為什麽邀請孫中山登上永豐艦。永豐艦駐紮在常州要塞附近，看管常州要塞，從而形成被叛軍包圍和對抗的水陸聯合陣地。從17年6月登艦到8月9日離艦，孫中山與永豐艦官兵共55天風雨同舟。在反對陳炯明、維護孫中山的鬥爭中，馮昭賢積極支持孫中山的主張，圓滿完成了維護孫中山的任務。
17年6月，孫中山從永祥艦登上永豐艦。6月29日，蔣介石從上海被召至廣州，協助孫中山先生指揮平叛鬥爭。7月8日，海軍司令員溫樹德接受了陳炯明的賄賂，率領“海旗”號、“海臣”號、“趙賀”號三艘巡洋艦離開黃埔。第二天，駐守長洲的海軍陸戰隊司令孫祥福也率部背叛孫中山..由於常州炮臺的失控，永豐艦受到了陸地火炮的直接威脅。孫中山立即在永豐艦上召開緊急會議，決定帶領船隊從新建的河道沖入省府河，停泊在白天鵝塘外國使館區的河道上。從新修的江面到白天鵝塘，壹路上經過大沙頭、白雲山、觀音山等義軍駐地。由於上述河段河道狹窄，兩岸炮火對破拆船只構成極大威脅。
7月10日淩晨，馮兆賢根據孫中山的命令，指揮永豐艦到達預定集結地點，按照孫中山的部署準時起航。早上七點左右，孫中山率領永豐、楚玉、三艘船突圍。在經過重兵把守的車炮臺時，起義軍的炮火向永豐艦孟烈襲來。165438+淩晨0點，包圍圈到達預定海域時，三艘船早已遍體鱗傷。09年7月19日，永豐艦在靠泊白天鵝塘時被叛軍魚雷擊中。
8月9日，孫中山被迫離開永豐艦，搭乘英國軍艦“磨憨”號由香港前往上海，原因是永豐艦彈藥、糧食告罄，北伐回廣州的援軍被堵在半路。馮昭賢隨艦護送孫中山先生到上海後，根據孫中山的指示，從上海返回廣州，被任命為廣東海軍艦隊司令，繼續隨軍隊參加平叛鬥爭。
在經過香港時，馮兆賢突然生病了。當時很多同誌都勸他留在香港治病。但考慮到孫中山交給的任務尚未完成，毅然帶病返回廣州，投身於平叛鬥爭。不久，被譽為“民國三大忠實保護者”(盛燕琪、歐陽林、馮昭賢)和“鐵衛衛士”的馮昭賢在廣州病逝，年僅27歲。為表彰其對護法的貢獻，孫中山親筆書寫了“苦幹高功”四個大字的錦旗，並派人到廣州主持馮昭賢的祭酒儀式。