1.套利交易過程中某個交割月因單邊報價而被迫減倉的風險。
套利交易的基本原理是交易者同時進行等量的反向交易，同時進行平倉和開倉。但根據股指期貨的風險控制和管理措施，當壹個交割月出現連續單邊行情時，交易所有權將對該合約進行強制減倉。由於股指期貨收盤時間比股票市場晚15分鐘，如果股指期貨市場在股票市場收盤後啟動交易所的強制減倉措施，由於交易所對套利持倉不給予優惠，股指期貨市場持有的套利持倉可能被交易所強制減倉。如果套期保值者或現貨套利者的未來頭寸被迫減倉，將導致股票現貨頭寸的風險暴露。
2.保證金上調不及時導致的強制平倉風險。
套利交易需要在現貨市場、同壹市場的不同交割月份、同壹市場的相關交易產品或同壹產品的不同交易市場同時進行。由於國內股指期貨交易規則並未在手續費和保證金方面給予套利交易優惠，套利交易在交易保證金和手續費方面的成本較純投機翻倍。此時，如果股指期貨市場大幅波動，無論是交易所提高保證金水平，還是套利交易者彌補浮虧，都需要追加大量保證金。此時套利交易者追求保證金的壓力明顯大於單純的投機交易。如果套利交易者不能及時追加保證金，交易將面臨在壹個交割月內被迫平倉的風險。壹旦壹個合約被強行平倉，另壹個期貨合約就變成了單向投機交易，套利交易者就要承擔相應的投機風險。
第三，套利交易過程中可能存在較大的沖擊成本，可能抵消套利利潤，甚至導致套利損失。
跨期套利交易者需要在同壹時間同壹市場的兩個不同交割月內進行等量反向交易。從國外股指期貨的實際操作來看，股指期貨往往集中在某個交割月，其他交割月的交易往往很清淡。當個別交割月份股指期貨流動性不足時，如果可能無法及時完成交易或者交易價格與自己的預期相差甚遠，這種情況可能會增加套利成本，影響套利利潤，甚至導致套利損失。
四、現貨套利時，由於現貨股票組合與指數的股票組合不壹致，可能會出現模擬誤差。
在股指期貨市場中，現貨套利是套利的壹種主要形式。準確的現貨套利需要在現貨市場上買賣股指期貨合約和相應的股票組合。但在實際操作過程中，兩者很難做到精確對應。
兩者之間產生誤差的主要原因如下:
第壹，構成指數的成份股太多。要模擬這個指數，需要在短時間內完成多只股票的交易，在實際操作中難度很大。
第二，即使組成指數的成份股不多，但由於指數是按市值比例構建的，實際股票交易的最小單位是100股，這就導致了現貨股票組合指數與指數的股票組合之間的差異。
第三，指數中個別時期的個別成份股因漲跌不能買賣，影響現貨股票組合與指數股票組合的壹致性。
現貨股票組合和指數股票組合之間可能存在壹些差異，這必然導致其未來趨勢或收益的不壹致，從而可能導致現貨套利中的模擬誤差。
動詞 （verb的縮寫）程序化交易可能導致的交易損失
與單月投機交易不同，套利交易者應該利用兩個交割月的價差來賺取利潤。從理論上講，只有當壹個交割月的股指價格高於或低於兩個月的正常價差水平時，跨期套利才能獲利。但由於股指期貨市場套利交易者眾多，這種套利機會稍縱即逝，機構投資者往往利用計算機程序進行跨期套利。
程序化交易雖然有客觀性的優勢，但在操作上也有壹定的風險。首先，程序化交易的參數是在過去交易數據的基礎上計算出來的，過去的交易情況不能代表股指期貨市場的未來走勢；其次，程序化交易是基於大概率事件的原理。如果出現小概率事件，在套利交易中采用程序化交易，可能會給交易者帶來雙邊損失。
此外，按照目前的交易規則，進行現貨反向套利時，可能會導致融券成本上升，套利交易成本增加。