第壹，市場風險。在擬回購期間，質押標的證券市值下降的，需要按照約定提前回購質押標的證券、補充質押標的證券或者采取其他約定方式提高履約擔保比例。標的證券處於質押狀態，收購人不能賣出或挪作他用，收購人可能承擔證券價格波動產生的風險。在跨市場吸收合並質押標的證券的情況下，在整合方面存在提前回購的風險。
第二，信用風險。受讓方違約、按約定質押標的證券並可能被處置的風險；由於處置價格、數量、時間等的不確定性。，可能會給被整合方造成損失的風險。
第三，利益沖突的風險。在股票質押式回購中，證券公司既可以是出借人，也可以是出借人的管理人，同時根據融入方的委托，辦理股票質押式回購的交易指令申報等相關事宜，可能導致利益沖突的風險。
第四，異常情況。收購人應關註各類異常情況及其可能引發的風險，包括標的證券質押或證券賬戶、資金賬戶被司法機關凍結或強制執行；質押標的證券被決定終止上市；集合資產管理計劃提前終止；證券公司被暫停或終止股票質押式回購權限；證券公司進入風險處置或破產程序等等。
第五，標的證券範圍的調整。標的證券可能被上交所暫停股票質押回購或被證券公司調整，導致初始交易或補充質押無法達成的風險。
此外，股票質押式回購業務還面臨操作風險、政策風險、不可抗力風險等。同時，投資者需要特別關註特殊類型的標的證券、交易期限等問題。