（2）市盈率應與基準利率掛鉤。基準利率是人們投資收益率的參照系數，也反映了整個社會資金成本的高低。壹般來說，如果其他因素不變，基準利率的倒數與股市平均市盈率存在正向關系。如果基本利率低，合理的市盈率可以高壹點，如果基準利率很高，合理的市盈率就應該低壹些。目前我國央行再貼現率為2.97%，壹年期儲蓄存款收益率為1.80%，美國聯邦基金利率為 1.75%，美聯儲再貼出率為1.25%，中美基準利率差別不大，但縱向看，中國目前的基準利率是很低的。另據權威部門研究顯示，根據我國目前物價水平及國家未來積極財政政策和適度貨幣政策取向，中國存在再次調低利率的可能。 （3） 市盈率應與股本掛鉤。平均市盈率與總股本和流通股本都有關，總股本和流通股本越小，平均市盈率就會越高（思騰思特管理咨詢中國公司，2001），反之，就會越低，中西莫不如此。據統計，2001年10月16日中國滬深市場770只樣本股（剔除了PT股、ST股、虧損股和2001年中期每股收益低於0.05元股票）算術平均市盈率為29.43倍，其中，總股本最小的100家上市公司算術平均市盈率為42.74倍，而總股本最大的100家上市公司算術平均市盈率只有19.82 倍，前者是後者的2.16倍。在美國，小盤股的平均市盈率也高於大盤股平均市盈率的好幾倍，NASDAQ市場市盈率高於紐約證券交易所市盈率，部分地與股本因素有關。 因此，看壹個市場平均市盈率水平，還應考慮到這個市場的上市公司結構，如果是以小股本公司為主的市場，它的合理市盈率就應高壹些。如果不考慮股票市場上市公司的股本構成，就不能解釋為什麽即使原有上市公司價格水平不變，只要上壹個中石化，若再上中石油、中移動、中海油，就會把平均市盈率降下十幾倍，就會把市盈率降到所謂的“合理區域”。事實上，2001年12月 31日上證A股指數市盈率降為37.59倍，如果中石化尚未上市，這壹數字將戲劇性地升為43.31倍。 （4）市盈率應與股本結構掛鉤。市盈率跟股本結構也有關系。如果股份是全流通的，市盈率就會低壹些，如果股份不是全流通的，那麽流通股的市盈率就會高壹些。原因在於，如果上市公司的總價值不變，股份分成流通股和非流通股，而資產的流動性會增加資產的價值（流動性溢價），從壹般意義上說，流通股的每股價格自然要高於非流通股的價格，非流通股的價格越低，流通股的價格就越高，其結果就必然是流通股的平均市盈率高於非流通股的平均市盈率。流通股在中股本中所占的比例越小，流通股與非流通股價格差異越大，流通股的平均市盈率就越高。 目前的中國市場，非流通股占到總股本的三分之二，在它們沒有流通的情況下，流通股的市盈率較高，也是正常的。 （5）市盈率應與成長性掛鉤。同樣是20倍市盈率，上市公司平均每年利潤增長7%的市場就要遠比上市公司平均每年利潤增長3%的市場有投資價值。
市盈率指標用來衡量股市平均價格是否合理具有壹些內在的不足： （1）計算方法本身的缺陷。成份股指數樣本股的選擇具有隨意性。各國各市場計算的平均市盈率與其選取的樣本股有關，樣本調整壹下，平均市盈率也跟著變動。即使是綜合指數，也存在虧損股與微利股對市盈率的影響不連續的問題。舉個例子，2001年12月31日上證A股的市盈率是37.59倍，如果中石化 2000年度不是盈利161.54億元，而是0.01元，上證A股的市盈率將升為48.53倍。更有諷刺意味的是，如果中石化虧損，它將在計算市盈率時被剔除出去，上證A股的市盈率反而升為43.31倍，真所謂“越是虧損市盈率越高”。 （2）市盈率指標很不穩定。隨著經濟的周期性波動，上市公司每股收益會大起大落，這樣算出的平均市盈率也大起大落，以此來調控股市，必然會帶來股市的動蕩。1932年美國股市最低迷的時候，市盈率卻高達100多倍，如果據此來擠股市泡沫，那是非常荒唐和危險的，事實上當年是美國歷史上百年難遇的最佳入市時機。 （3）每股收益只是股票投資價值的壹個影響因素。投資者選擇股票，不壹定要看市盈率，妳很難根據市盈率進行套利，也很難根據市盈率說某某股票有投資價值或沒有投資價值。令人費解的是，市盈率對個股價值的解釋力如此之差，卻被用作衡量股票市場是否有投資價值的最主要的依據。實際上股票的價值或價格是由眾多因素決定的，用市盈率壹個指標來評判股票價格過高或過低是很不科學的。