1.兩者的保證金要求不同：投資者從事普通證券交易須提交100%的保證金，即買入證券須事先存入足額的資金，賣出證券須事先持有足額的證券。
而從事融資融券交易則不同，投資者只需交納壹定的保證金，即可進行保證金壹定倍數的買賣，在預測證券價格將要上漲而手頭沒有足夠的資金時，可以向證券公司借入資金買入證券，並在高位賣出證券後歸還借款。
2.法律關系不同：投資者從事普通證券交易時，其與證券公司之間只存在委托買賣的關系。而從事融資融券交易時，其與證券公司之間不僅存在委托買賣的關系，還存在資金或證券的借貸關系。
因此還要事先以現金或證券的形式向證券公司交付壹定比例的保證金，並將融資買入的證券和融券賣出所得資金交付證券公司壹並作為擔保物。
3.風險承擔和交易權利不同：投資者從事普通證券交易時，風險完全由其自行承擔，所以幾乎可以買賣所有在證券交易所上市交易的證券品種。
而從事融資融券交易時，如不能按時、足額償還資金或證券，還會給證券公司帶來風險，所以投資者只能在證券公司確定的融資融券標的證券範圍內買賣證券，而證券公司確定的融資融券標的證券均在證券交易所規定的標的證券範圍之內，這些證券壹般流動性較大、波動性相對較小、不易被操縱。
4.交易控制不同：投資者從事普通證券交易時，可以隨意自由買賣證券，可以隨意轉入轉出資金。而從事融資融券交易時，如存在未關閉的交易合約時，需保證融資融券賬戶內的擔保品充裕，達到與券商簽訂融資融券合同時要求的擔保比例。
另壹方面，投資者需要從融資融券賬戶上轉出資金或者股份時，也必須保證維持擔保比例超過300%時，才可提取保證金可用余額中的現金或充抵保證金的證券部分，且提取後維持擔保比例不得低於300%。