個人合夥企業減征上市公司持有的股票要繳納個人所得稅，因為個人合夥企業屬於特殊的企業形式，並不適用於企業所得稅，主體稅種就是繳納個人所得稅，而且按照個人經營所得，實行超額累計稅率。
個人所得稅是對應企業所得稅的壹個大稅種，其中主體分為兩部分，壹種是綜合所得，壹種是經營財產租賃財產轉讓所得。上面所說的綜合所得，就是包含個人的工資薪金所得，勞務報酬所得，特許權使用費所得這些東西，這是壹個普通個人，不需要通過企業以及個體工商戶這樣的形式，在另外壹個團體的企業裏面，通過團體合作的方式就能得到的錢，那種是實行個人所得稅稅表壹，實行7級超額累計稅率從3%~45%不等。
另外壹種也就是經營所得，這個經營所得裏面它包含經營所得，財產租賃所得，財產轉讓所得，這個就是有壹定的依賴形式的，比如說個體工商戶的經營，比如說特殊的合夥制企業，因為合夥制企業不適用企業所得稅並不算是完整的企業強勢，這個特殊的合夥制企業本身不是壹個獨立的法人。所以繳納稅的時候是實行先把這個錢分開，然後再繳納個人所得稅的方式。
這個錢怎麽分呢？就是按照合夥企業裏面大家所占的股份或者說股本的份額去劃分這個上市公司的股票減持的那壹部分歸屬於個人的那壹部分變現了，按照股息紅利所得歸屬於個人所得稅稅表2的這種20%，30%，40%的稅率，去實行個人所得稅的繳納。個人的合夥企業並不像是完整法人的企業，交稅那麽復雜，基本上就是個人所得稅，企業經營這方面繳納的稅種並不多，因為特殊合夥企業不算是完整的企業。