1．股份登記。股份登記包括首次公開發行登記、增發新股登記、送股（或轉增股本）登記和配股登記等。
（1）股份首次公開發行和增發登記。在我國，股份公司經主管部門批準公開發行新股，曾采用股票認購證、與儲蓄存款掛鉤、“全額預繳、比例配售”等網下發行和網上定價發行、網上競價發行等方式。在不同的發行方式下，股份發行登記的方法略有不同。
采用股票認購證、與儲蓄存款掛鉤、“全額預繳、比例配售”等網下發行方式認購新股的投資者，首先必須到登記結算公司或其指定的代理機構開立股票賬戶。然後，投資者憑中簽表、股票賬戶、本人身份證、現金或銀行存折到指定的收款點繳款認購，辦理股份登記。如果是認購在深圳證券交易所上市的股票，在繳款的同時，投資者應按要求在有關資料中註明自己選定的托管證券公司營業部。收款點辦理收款手續後，按要求將認購資料送主承銷商簽收。主承銷商將各收款點所送資料匯總後，將股份登記資料輸入電腦，打印新股認購繳款清冊送交登記結算公司簽收。登記結算公司將股份登記數據資料同開戶資料進行核對無誤後，打印股東清冊，並由主承銷商確認、蓋章；同時，股東清冊連同股份登記數據資料還要送交證券交易所上市部。在規定上市日前，登記結算公司將股東數據資料轉入證券交易所電腦數據庫。
采用網上定價或網上競價公開發行方式的，投資者申購後，主承銷商根據股票發行公告的有關規定確定認購股數，然後由登記結算公司在發行結束後根據成交記錄或配售結果自動完成新股的股份登記。具體辦法為：新股認購者在開立股票賬戶後，可於規定的發行日前，在辦理本次發行的證券營業部存人足夠的申購資金，然後按買入股票的委托手續辦理申購。認購者應在申購結束後到證券營業部確認申購配號，並辦理交割手續。如果采取市值配售發行方式，認購者可根據本人證券賬戶中持有的、可計算配售市值證券的市價總值，按買人股票的委托手續辦理申購。申購結束後，認購者應到證券營業部確認申購配號。待主承銷商根據股票發行公告的有關規定確定認購股數後，認購者應於規定的繳款日前存人足夠的申購資金，並辦理申購繳款、交割手續。對於登記結算公司股份登記的實際運作來說，如果是通過網上發行新股的，就根據證券交易所關於股票發行有關事宜的通知，將網上發行總量登記到主承銷商發行專戶中，並根據網上申購結果，將主承銷商證券賬戶中的相應股份登記到投資者證券賬戶中。如果是通過網下發行新股的，登記結算公司根據證券發行人申報數據將相應股份登記到投資者證券賬戶中。
另外，證券發行人應在發行結束後2個交易日內向登記結算公司申請辦理股份發行登記。
（2）送股及公積金轉增股本登記。送股是指股份公司將其擬分配的紅利轉增為股本；公積金轉增股本是指股份公司將公積金的壹部分按每股壹定比例轉增為股本。對送股（公積金轉增股本）的股份登記，是根據上市公司提供的股東大會決議中紅利分配方案確定的送股比例或公積金轉增股本比例，按照股東數據庫中股東的持股數，主動為其增加股數，從而自動完成送股的股份登記手續。送股股份登記的記錄在股票賬戶的過戶記錄中逐筆反映。
根據有關規定，證券發行人申請辦理送股（公積金轉增股本）登記，應向登記結算公司提交送股登記（轉增股本）申請。登記結算公司根據送股申請，於權益登記El（R13）登記送股。送股及轉增股本產生的新增可上市流通股份在股權登記日（R日）後第二個交易日上市流通（上海市場）。
申請送股（轉增股）時，上市公司應確保權益登記日不得與配股、增發、擴募等發行行為的權益登記日重合，並確保自向登記結算公司提交申請表之日至新增股份上市El期間，不得因其他業務改變公司的股本數或權益數。
（3）配股登記。配股是指股份公司以股東所持有的股份數為認購權，按壹定比例向股東配售該公司新發行的股票。對配股的股份登記，是在配股登記日閉市後向證券公司傳送投資者配股明細數據庫。投資者可在公告的配股期限內，委托其指定交易所屬證券營業部或原股份托管的證券營業部，在交易時間通過證券交易所電腦交易系統賣出配股權。認購繳款結束後，由登記結算公司主動為認購繳款的股東在相應的股票賬戶中增加相應的股數。未被認購並且承銷商未予包銷的股份，根據中國證監會的有關規定即時在可配股份總數中予以扣除，不予登記。配股股份登記的記錄在股票賬戶的過戶記錄中逐筆反映。
2006年7月，《中國證券登記結算有限責任公司證券登記規則》經中國證監會批準發布，並自發布之日起實施。根據這壹規則，股票發行人申請辦理股票首次公開發行、增發、配股登記時，應當提供以下申請材料：
①股票登記申請。
②中國證監會關於股票發行的核準文件。
③承銷協議。
④具有從事證券業務資格的會計師事務所出具的關於證券發行人全部募集資金到位的驗資報告（包括非貨幣資產所有權已轉移至證券發行人處的證明文件）。
⑤通過證券交易所交易系統以外的途徑發行（以下稱“網下發行”）證券的，還需提供網下發行的證券持有人名冊。證券持有人名冊應當包括證券代碼、證券持有人證券賬戶號碼、證券持有人有效身份證明文件號碼、本次登記的持有證券數量等內容。
⑥證券有限售條件的，還需提供限售申請並申報有限售條件證券持有人類別。
⑦凇開發行前國家或國有法人持股的，還需提供國有資產監督管理部門的批準文件；涉及向外國戰略投資者定向發行股份的，還需提供商務部等有權部門的批準文件。
⑧涉及司法凍結或質押登記的，還需提供司法協助執行、質押登記相關申請材料。
⑨證券首次發行的，還需提供證券發行人法人有效營業執照副本原件及復印件、法定代表人對指定聯絡人（董事會秘書或證券事務代表）的授權委托書。
⑩指定聯絡人有效身份證明文件原件及復印件。
⑩中國結算公司要求提供的其他材料。
權證發行人申請辦理權證發行登記，除應當提供上述⑤至⑩項相關材料外，還應當提供以下申請材料：權證登記申請、有權機構關於權證發行的核準文件、中國結算公司要求提供的其他材料。
2．基金登記。證券投資基金網上發行和網下發行要進行基金登記。基金登記的辦法是參照股份登記的相關內容來辦理的。
基金管理人申請辦理基金募集登記，除應當提供上述③至⑩項相關材料外，還應當提供以下申請材料：基金登記申請、中國證監會關於基金募集的核準文件、基金合同、中國結算公司要求提供的其他材料。
3．債券登記。債券發行人申請辦理企業債券和公司債券發行登記，除應當提供上述③至⑩項相關材料外，還應當提供以下申請材料：債券登記申請、國家有權部門關於債券發行的核準文件、債券擔保協議或有權部門關於免予擔保的批準文件、中國結算公司要求提供的其他材料。
記賬式國債通過招投標或其他方式發行後，登記結算公司根據財政部和證券交易所相關文件確認的結果，建立證券持有人名冊。記賬式國債在證券交易所掛牌分銷或場外合同分銷後，登記結算公司根據證券交易所確認的分銷結果，辦理記賬式國債登記。
證券登記結算公司對證券發行人提供的證券登記申請材料審核通過後．根據其申報的證券登記數據，辦理證券持有人名冊的初始登記。通過證券交易所交易系統發行（以下稱“網上發行”）的證券，證券交易所向登記結算公司傳送的認購結果視為證券發行人向登記結算公司提供的初始登記申請材料之壹；登記結算公司根據網上發行認購結果，將證券登記到其持有人名下。通過網下發行的證券，登記結算公司根據證券發行人提供的網下發行證券持有人名冊，將證券登記到其持有人名下。
登記結算公司完成證券持有人名冊初始登記後，向證券發行人出具證券登記證明文件。
由於證券發行人提供的申請材料有誤導致初始登記不實所致的壹切法律責任由該證券發行人承擔，證券登記結算公司不承擔任何責任；證券發行人申請對證券初始登記結果進行更正的，登記結算公司依據生效的司法裁決或登記結算公司認可的其他證明材料辦理更正手續。