1.定義不同
會員制證券交易所是不以營利為目的，由會員自治自律、互相約束，參與經營的會員可以參加股票交易中的股票買賣與交割的交易所。目前，世界上許多著名的證券交易所都采取會員制證券交易所形式。
公司制證券交易所是證券交易所的壹種組織類型。由投資者組織起來的股份有限公司性質的證券交易所。該種證券交易所只提供場地、設備、人員等，在政府主管機構的管理與監督下，吸收各類證券商在集中的交易市場內自由地買賣並集中交割。
收取發行公司的“上市費”，並抽取證券成交的“經手費”，但不參與本所上市證券的買賣。這種公司制的交易所，自負盈虧，實際上是以盈利為目的的私人公司。
2.特點不同
證券交易所的特點在於證券交易所的決策機構是會員大會（股東大會）及理事會（董事會）。其中，會員大會是最高權力機構，決定證券交易所基本方針；理事會是由理事長及理事若幹名組成的協議機構，制訂為執行會員大會決定的基本方針所必需的具體方法，制訂各種規章制度。
證券公司特點則是大多為國有控股企業，資產的贈與必須滿足國有資產管理部門的相關規定；大多為非上市公司，股份流通受限制，沒有市場價格，但又有上市的規劃，能夠滿足上市公司的有關規定。因此，股票期權和員工持股的方式更適合我國證券公司。
3.職責不同
證券交易所應當為組織公平的集中交易提供保障，公布證券交易即時行情，並按交易日制作證券市場行情表，予以公布。
證券公司的主要職責是設計籌劃改制企業的股票上市，主要工作包括：參與企業改制方案設計和制定，對擬發股票的改制企業進行上市輔導，草擬、匯總和報送發行上市的所有申報材料。
參考資料：
百度百科-會員制證券交易所