肯尼亞航空成立於1977年2月，是肯尼亞政府全資擁有的公司，直到1996年4月。
1986年，政府認為肯尼亞航空公司會因為私人化後有更好的發展，因此第壹次嘗試航空公司私有化。1991年，私有化的流程指定。肯尼亞航空領導公司的新內閣。1992年，公營企業改革文件發表後，給肯尼亞航空公司私有化優先權。
1993年至1994年，該公司生產的第壹次盈利。此外在1994年，國際金融公司（IFC）被任命為肯尼亞航空提供私有化進程幫助。1995年，肯尼亞航空公司重組其債務作出了總協議，荷航購買26 %的股份，成為肯尼亞航空公司最大的單壹股東。1996年，股票發行給公眾，航空公司開始在內羅畢證券交易所交易。2004年10月，該公司的股票在達累斯薩拉姆證券交易所上市。2004年4月，該公司重新將肯尼亞航空公司貨運作為壹個品牌運作，並於2004年7月，被火烈鳥航空公司收購。
2005年肯尼亞航空公司改變其制服。機身的口號是“非洲的驕傲” 。尾標誌是“ K ”包圍了“ Q ”字，和肯尼亞航空公司二字代碼“ KQ ”相呼應。截止2005年9月，稅後利潤比2004年增長48 %達到3000萬美元，搭乘120多萬乘客。
2005年全年營業結束統計，稅後利潤超過2003年到2004年幾乎兩倍，達到5000萬美元，***有200多萬乘客搭乘。
2006年3月，肯尼亞航空公司贏得了'非洲航空公司的年度獎。客運量在2006財政年度（2006年4月- 2007年3月）達到創紀錄的260萬人次。
在2007年9月4日，天合聯盟歡迎肯尼亞航空公司加入，開始協助其辦理手續。
目前肯尼亞航空公司的股份組成是，股東（30.94 %），荷蘭皇家航空公司（現為法國航空- KLM ） （26 %），肯尼亞政府（23 %），肯尼亞的機構投資者（14.2 %），外國機構投資者（4.47 %）和個人外國投資者 1.39 %） 。