針刺刺激穴位處的肌梭或遊離神經末梢，興奮交感神經，使穴位處的局部生物電位升高，產生“酸、麻、脹、熱”等針刺感覺，也就是針灸所說的“上火”。針刺後，穴位處靜電電位明顯上升，電位在經絡線上波動，但不出現在經絡線外。因為臟腑產生的生物電通過經絡投射到體表，刺激體表穴位產生的生物電又反過來作用於臟腑，調節其生命活動，其影響是雙向的。所以針灸治療的原理是穴位產生生物電，通過經絡調節相應臟腑器官的生理活動，使其功能恢復正常，以達到治療的目的。
不同的手法可以達到不同的治療效果。補法和燒山火是通過手法刺激局部交感神經，增強生物電的作用，產生補熱感覺。瀉涼通天是刺激局部副交感神經，降低生物電，產生瀉涼感的作用。比如，有人認為胃運動時，可以增加慢電位的振幅；當胃運動受到抑制時，慢電位的振幅降低。其中，針瀉組的體表胃電波主要是降低的。說明針刺、提、插、瀉可對胃運動功能產生不同的影響。(15)
針刺產生生物電，可調節人體免疫功能，使低下和過度活躍的免疫功能恢復正常，抑制過敏反應。流行的長強穴疤痕灸可以治愈復發性蕁麻疹。
傳統的割治法也是基於這個原理，比如常見的小兒疳積。它是脾胃在手掌投影點切斷壹點脂肪組織，使傷口處的電位不斷上升，促進脾胃的運化功能，達到治療疾病的目的。類似的還有埋線和穴位貼敷。