流動性風險
這是新三板市場最重要的風險。整個市場的成交額只相當於壹個普通的主板企業，對於新三板的資金規模來說是不正常的。在交易制度不完善、轉讓制度尚未出臺的情況下，新三板買入的股份只能通過協議轉讓或者在企業IPO後賣出。但是，除了選定層之外的基礎層和創新層不太可能在主板上列出。如果引入做市商制度，流動性會有壹定程度的提高，但和二級市場還是有很大區別的。
股票選擇風險
新三板擴容前，大部分掛牌公司都很優秀，有近壹半基本符合創業板的掛牌條件，所以投資風險相對較小。但擴張後上市門檻降低，公司質量良莠不齊。大部分公司未來很難上市，很多甚至隨時可能倒閉。對於沒有辨別能力的投資者來說，風險比較大。而且壹些優質企業的股份通常被大券商承包甚至長期持有，導致很多小機構和個人投資者無法在市場上獲得優質標的，選擇次優公司的投資收益低，風險大。
估價風險
新三板不要求掛牌公司有盈利水平。除了少數細分行業的龍頭公司，創業型或保守型公司大多經營水平差，融資能力差，股票流動性差，沒有投資價值。在2000多家企業中，很少有企業能夠進入頂層或轉向主板。多數公司存在凈利潤下滑的風險，部分股票可跌至原價的10%，甚至退市。另外，財務報表也可以粉飾，公布的利潤對普通投資者幾乎沒有意義。大多數公司都無法實現長期穩定的分紅，更談不上估值。
交易風險
新三板股票沒有價格限制。從歷史交易數據來看，有些股票的價格波動非常劇烈。因為新三板的協議轉讓往往會導致同股出現巨大的價格差距，削弱了新三板的價格發現功能，協議轉讓的價格並不能反映掛牌公司的真實情況。壹些私募基金公司為了盈利，甚至會低價買入大量流動性差的基礎或創新股票，然後把票吹給不懂的散戶。
監管風險
企業上市的條件只是壹種嘗試。很多不具備條件的企業通過借殼等方式去新三板。機構做盡職調查費時費力，可能會放棄投資。掛牌並沒有起到很好的篩選效果，很多企業大股東都把新三板當成自己的現金天堂。如果未來上市審核制度與層級制相結合，在上市的同時對企業進行評級，可以有效加強監管，降低投資者風險。