秋葉原博士解釋說，是火箭偷了他的3D龍零(可以在現實和電腦系統之間穿梭)，黑進了神奇寶貝中心的傳輸系統，偷走了神奇寶貝。這時候只要註射殺毒程序，把破了的洞補上，就能恢復正常，但是火箭就當病毒毀了...
既然是可愛迷人的反派，肖誌壹行還是硬著頭皮，抓著備用的3D龍小號去營救火箭。
在計算機系統的世界裏，突然發現火箭用路障堵住了寶貝球的路線，去偷神奇寶貝。火箭發現小智後，叫阿柏怪對抗雙彈氣，卻被3D龍小號的“換裝”伎倆打敗。火箭不得不派3D龍零去戰鬥。兩條3D龍幾乎並駕齊驅。最終3D龍號手略勝壹籌，火箭也當場被打飛。肖誌等人迅速拆除路障，實現疏通任務。這時秋葉原突然發現，不知情的喬伊竟然要求程序員註射反毒程序！這就意味著連小智等人也會被當成淘汰的對象...
小智他們趕緊讓已經著陸的火箭登上3D龍零逃命。很快反病毒程序就發射了強大的反病毒火箭和光炮，擊中了3D龍零和火箭隊！火箭被擊落後陷入bug。火箭卡在洞裏出不來，就要被消滅了。就在這關鍵時刻，肖誌等人趕到，將火箭從3D龍小號手中救出。但是因為3D龍太重跑不快，反毒程序向後面的肖智等人發射了威力巨大的導彈！皮卡丘迅速用電擊對抗導彈，使其爆炸並發出強烈的閃光。※.※
所有人都以為沒有導彈就松了壹口氣，可就在這時又有兩枚導彈向肖智等人飛來！就在這時，肖智等人從瞬移點及時趕到了秋葉原博士的研究所，但後面的導彈躲避不及，將研究所炸成了壹片廢墟。肖誌等人雖被炸漆熏黑，但最終得救。火箭感謝他的救命之恩，然後跑開了，留下秋葉原醫生悲傷地看著粉碎的努力。又去了精靈寶可夢中心的小智把皮卡丘照顧到了喬伊，小組把電腦世界的奇遇記在了心裏。