根據《上海證券交易所網上股票發行基金申購實施辦法》的規定，上海證券交易所網上股票發行基金申購的流程為:申購當日(T+0)，投資者按照發行人發行公告規定的發行價格和申購數量，在申購時間內通過與上證所聯網的證券營業部全額繳納申購款，並進行申購委托。
已開立資金賬戶但資金不足的投資者，必須在認購日(含該日)前根據自身認購金額存入足夠的認購資金；尚未開立資金賬戶的投資者，必須在認購日(含該日)前在與上證所聯網的證券營業部開立資金賬戶，按照認購金額交存足額認購資金。
認購日後第二日(T+2)，中國證券登記結算上海分公司將配合上證所指定的合格會計師事務所對認購資金進行驗資，會計師事務所出具驗資報告，實際到位資金作為有效認購。發行人應向負責認購資金驗資的會計師事務所支付驗資費用。
有效申購確認後，上交所將根據最終有效申購數量，通過以下方式配售新股:
(1)當有效認購總額等於網上流通股份時，投資者按有效認購額認購股份。
(2)當有效認購總額小於本次股票網上發行時，投資者按其有效認購額認購股票後，余額按承銷協議辦理。
(3)有效申購總量大於股票發行時，上交所將按照每1000股分配壹個號碼的規則，自動為有效申購分配壹個號碼，並通過衛星網絡公布中簽率。申購日後第四天(T+4)，未成功部分的申購款解凍。新股申購款由中國證券登記結算上海分公司向主承銷商支付。
中國證券登記結算上海分公司將認購期間凍結的所有投資者認購資金利息劃入中國證券登記結算上海分公司專用賬戶，由中國證券登記結算上海分公司根據相關規定辦理劃轉。申購日後第四天(T+4日後)，主承銷商將根據承銷協議約定扣除承銷費用後，將中國結算上海分公司劃轉的申購資金劃入發行人指定的銀行賬戶。
深交所和上交所新股網上申購資金的申購程序類似。