再融資極大地促進了上市公司的發展，中國證券市場的再融資功能越來越受到有關方面的重視。然而，由於各種原因，上市公司再融資仍存在壹些不容忽視的問題。
壹是融資方式單壹。
以股權融資為主。上市公司強烈偏好股權融資。1998之前，配股是上市公司再融資的唯壹方式，而2000年以來，增發成為上市公司再融資的另壹種選擇；自2001以來，可轉債融資受到上市公司的追捧。我國上市公司在選擇再融資方式時主要考慮融資難度、門檻和融資金額。目前，股權融資已經成為上市公司再融資的首選。我國股權結構比較特殊，非流通法人股占60%以上。在這種情況下，股權融資確實對改善股權結構有壹定的作用。但是，單壹的股權融資沒有考慮到企業資本結構的差異，這不符合財務管理關於最優資本結構的融資原則。有人研究過1997深交所，發現其平均資產負債率為43.29%。繼續對這類公司進行股權融資，使得企業的資本結構更加不合理。
二是融資額超過實際需求。
從理論上講，投資需求和融資手段是辯證關系。只有把投資的必要性和融資的可能性結合起來，才能產生更好的投資效果。但大多數上市公司通常是按照政策規定的上限進行再融資，而不是按照投資需求來衡量融資金額。上市公司在選擇再融資方式和制定發行方案時，都把籌集盡可能多的資金作為重要目標，融資額往往超過實際資金需求，導致募集資金使用效率低下等問題。
第三，融資的投入具有盲目性和不確定性。
長期以來，上市公司普遍不重視投資項目的可行性研究，導致募集資金投向變更頻繁，投資項目回報率低，為項目圈錢的跡象明顯。很多上市公司對投資項目缺乏充分的研究，募集資金到位後無法按計劃進行投資，造成資金不同程度的閑置，有的不得不改變募集資金的投資方向。據統計，到2000年底，平均半年多的時間，從2000年上半年上市、增發、配股的公司中，僅有46.15%的募集資金作為樣本。從招股書中可以看出，大部分企業投資項目的建設期在半年或壹年左右，所以很多企業會購買國債，存入銀行或參與新股發行。由於未能按計劃完成募集資金投資，為尋求短期回報，上市公司紛紛推出委托理財業務。這樣，上市公司的再融資不僅沒有促進企業的正常發展，反而造成了資金使用偏離融資目的、使用效率低下等問題。
第四，股利分配政策隨意制定。
無論是2001之前的輕現金分配現象，還是2001少數公司大比例現金分紅，都在壹定程度上反映了上市公司股利分配政策制定的隨意性。上市公司沒有制定既能保證企業正常發展又能給投資者穩定回報的股利政策，管理層在出臺股利分配方案時具有很強的隨意性。股利政策的制定未能結合上市公司的長期發展戰略，廣大公眾投資者未能通過股利分配獲得更高的股利回報。
第五，融資效率低。
近年來，上市公司再融資後效益下降已經成為上市公司再融資最嚴重的問題。據不完全統計，在2000年發行股票和增發新股的34家公司中，有26家公司融資前後年度凈資產收益率下降，其中2000年發行股票的13家公司凈利潤遠低於上年，僅有8家公司收益增加，約占調查總數的四分之壹。2001年報顯示，30家公司在2000年和2001年初發布了年度虧損報告或預虧公告。上市公司融資效率低下，業績滑坡，使得投資者的投資意願逐漸減弱。如果這個問題長期得不到解決，對上市公司自身和證券市場的發展都是極為不利的。
上述問題存在的原因是多方面的，基本原因有:
第壹，股權融資的實際資金成本低。
融資方式的選擇很大程度上受到融資成本的制約。股權融資的實際成本是股利回報，而對於企業來說，現金股利是企業實際需要付出的資本成本。然而，長期以來，中國證券市場的股利分配重股票股利，輕現金股利。在我國，由於上市公司的股利分配政策主要由大股東選舉產生的董事會制定，股利分配政策成為管理層可以隨意支配的砝碼，因此外部股權融資的實際成本成為公司管理層可以支配的成本。相對於債券融資利息回報的硬約束，上市公司管理層更願意選擇股利分配的軟約束。這是我國上市公司偏好股權融資的重要原因。
第二，企業債券市場尚未成熟。公司債券市場的不成熟主要體現在以下兩個方面:壹是法律法規滯後。目前對債券發行的主要監管是1993頒布的《公司債券管理條例》，規定公司債券利率不得高於銀行同期居民定期存款利率的40%。由於這壹規定，即使按照政策的高限發行企業債利率，由於企業債仍需繳納利息稅，其實際收益與國債相差無幾。相比國債的低風險，企業債的收益對投資者來說毫無吸引力。二是公司債上市規模小。目前上交所上市的公司債只有10只，發行主體只有6家超大型國企。還有很多公司發行的債券沒有在證券市場上市，所以債券的流動性不高。基於以上兩點原因，在安全性、流動性和收益性方面，投資者並不看好企業債券，這使得這種西方國家最主要的融資方式在我國證券市場仍處於起步階段。因此，上市公司只能更多選擇增發、配股等股權融資方式。
三是特殊的股權結構。
統計顯示，2001年末，社會公眾投資者流通股僅占34%左右，而國家股占47%，其他非流通股占19%。壹般來說，國有股東在上市公司中處於絕對控股地位。即使我國壹些上市公司有只是處於相對控股地位的股東，但公眾投資者非常分散，導致數量上占絕大多數的公眾投資者很難獲得對上市公司的控制權，無法真正參與決策。在這種情況下，管理層的決定並不代表大部分流通股東的權益，很大程度上只代表少數大股東的利益。由於再融資的溢價發行，老股東的權益通過融資迅速增加，這對於新股東來說是權益的稀釋。因為大股東可以通過股權融資獲得額外的股權增長，擁有決策權的大股東非常願意進行股權融資。再者，壹些上市公司大股東利用其控股地位，在再融資後不久就推出大比例現金分紅計劃，並按持股比例拿走大部分分紅。
四是政策的引導作用。
核準制下，再融資條件更嚴格，審核時間更長。上市公司希望壹次性籌集盡可能多的現金。隨著2001新股發行管理辦法的頒布，眾多上市公司紛紛推出增發計劃，掀起了增發熱潮。下半年，由於市場原因，增發審批難度加大，很多公司轉向配股和可轉債；當時可轉債發行辦法出臺，監管層對券商實行通道限制制度。可轉債不占用渠道，不受不少於壹個會計年度的融資區間限制，使得很多公司在下半年推出可轉債融資。2001年3月《上市公司發行新股管理辦法》將上市公司分紅派息作為再融資的重點關註對象。在當年發布的《中國證監會股票發行審核委員會關於上市公司新股發行審核的指導意見》中，也提出要關註公司上市以來最近三年的分紅派息情況，特別是現金分紅占可分配利潤的比例以及董事會陳述的不進行分配的原因。因此，大多數上市公司從20065433。這些情況表明，政策規定在再融資中起著重要的導向作用。