第二是行政體制。在註冊制條件下，證監會將審核權移交給證券交易所。但目前兩大證券交易所是證監會派出的，管理層歸證監會所有。要理順行政體制，必須有配套改革，即兩個交易所盡快由會員制組織體制改革為公司制，實現獨立。
第三是註冊制下的欺詐違法成本。我們實行註冊制，如果對虛假發行股票並上市的公司及其當事人處罰過輕，造假成本過低，就會起到鼓勵造假的作用。因此，應該制定對非法造假的處罰措施，嚴懲造假者，防止他們造假。
四是註冊制下如何保護投資者尤其是中小投資者的利益。註冊制重在信息披露，監管機構主要關註招股說明書。在國內大量的中小投資者中，很多可能不具備識別招股書的能力，只能盲從。如何幫助他們增強對信息的分析判斷能力，在註冊制的條件下非常重要。
五是註冊制推出後的監管效率問題。證券市場的特點是交易效率高，資金轉移快。註冊制下，如果監管效率不高，違規者發現苗頭不好，就會帶著資金跑路。最終誰會受到懲罰？因此，監管的效率必須相應提高。
六是投資者教育。目前，許多投資者認為註冊制的推出對股市是壹大利空。壹提到註冊制的推出，他們馬上會想到未來可能會有大量業績不佳的公司上市。所以要做好宣傳解釋工作。此外，還要考慮註冊制推出的時機。
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