壹、新三板掛牌股權質押操作流程
第壹步：
了解出質人及擬質押股權的有關情況：
1、仔細審查有限責任公司章程中是否有對股東禁止股權質押和時間上的特殊規定;2、在公司章程中核實出質人的身份名稱、出資方式、金額等相關信息以及出質人應出具對擬質押的股權未重復質押的證明;3、出質人應提供有會計事務所對其股權出資而出具的驗資報告;4、出質人的出資證明書;
第二步：
出質人的股權須有該公司股東過半數以上同意出質的決議;第三步：
出質人簽訂股權質押合同，並將出資證明書交給質押權人;第四步：
將該股權已經質押，不能再轉讓和重復質押股權，註明在公司章程和記載於股東名冊中，並到工商行政管理部門辦理股權出質登記。
二、新三板掛牌需提供的文件和材料
1、申請人簽署的《股權出質設立登記申請書》;
2、記載有出質人姓名(名稱)及其出資額的有限責任公司股東名冊復印件或者出質人持有的股份公司股票復印件(均需加蓋公司印章);3、質權合同;
4、出質人、質權人的主體資格證明或者自然人身份證明復印件(出質人、質權人屬於自然人的由本人簽名，屬於法人的加蓋法人印章);註：指定代表或者***同委托代理人辦理的，還應當提交申請人指定代表或者***同委托代理人的證明;申請股權出質註銷登記，應當提交申請人簽字或者蓋章的《股權出質註銷登記申請書》;指定代表或者***同委托代理人辦理的，還應當提交申請人指定代表或者***同委托代理人的證明。
三、新三板股權質押相關法律條文
《擔保法》第78條第三款規定，以有限責任公司的股份出質的，適用公司法股份轉讓的有關規定;《工商行政管理機關股權出質登記辦法》第7條規定，申請股權出質設立登記，應當提交的材料有：申請人簽字或者蓋章的《股權出質設立登記申請書》、記載有出質人姓名(名稱)及其出資額的有限責任公司股東名冊復印件或者出質人持有的股份公司股票復印件(均需加蓋公司印章)、質權合同、出質人、質權人的主體資格證明或者自然人身份證明復印件(出質人、質權人屬於自然人的由本人簽名，屬於法人的加蓋法人印章，下同)以及國家工商行政管理總局要求提交的其他材料;《物權法》第226條規定，質權自工商行政管理部門辦理股權出質登記時設立。
四、新三板掛牌存在股權質押情況的解決思路
申請掛牌公司在掛牌前辦理了股權質押貸款，股權處於質押狀態，是否對企業掛牌構成影響?已質押的股份應如何辦理股份登記?質押股份的限售及解除限售有無特殊規定?
(壹)《全國中小企業股份轉讓系統股票掛牌條件適用基本標準指引(試行)》中規定，申請掛牌公司股權應結構明晰，權屬分明，真實確定，合法合規，股東特別是控股股東、實際控制人及其關聯股東或實際支配的股東持有公司的股份不存在權屬爭議或潛在糾紛。掛牌前，申請掛牌公司的股東可為公司貸款提供股權質押擔保，貸款用途為公司日常經營，履行公司決議程序，訂立書面質押合同，依法辦理出質登記。只要不存在股權糾紛和其他爭議，原則上不影響其掛牌。對於存在股權質押情形的，申請掛牌公司應在《公開轉讓說明書》中充分披露。
(二)《中國結算北京分公司證券發行人業務指南》規定，質押凍結或司法凍結的股份辦理股份初始登記時，除需提供常規申報材料外，還須提供質押凍結或司法凍結的相關材料。其中，司法凍結的應提供協助執行通知書、裁定書、已凍結證明等材料及復印件;質押凍結的應提供質押登記申請書、雙方簽字的已生效的《質押合同》、質押雙方有效身份證明文件、已凍結證明等材料及復印件。中國結算北京分公司在完成證券登記後根據發行人的申請辦理相關質押凍結、司法凍結手續，即申請掛牌公司應先完成股份初始登記(包括股份首批解除限售)，取得《股份登記確認書》後，再申請辦理質押凍結、司法凍結手續。
(三)質押凍結股份的限售及解除限售應按照《公司法》及《全國中小企業股份轉讓系統業務規則(試行)》中的規定辦理。滿足解除限售條件的質押凍結股份可辦理股份解除限售。《中國結算北京分公司證券發行人業務指南》中規定，當解除限售涉及被凍結股份的，被凍結股份不可分拆，只能作為壹個整體辦理解除限售。
案例分析：上陵牧業的股份和子公司翔達牧業的股份質押情況。
公司控股股東上陵集團與華融信托簽訂《特定股權收益權暨回購合同》，華融信托受讓上陵集團的特定股權收益權而設立信托計劃為上陵集團提供人民幣信托基金，上陵集團按約定的價格溢價回購特定股權收益權(實際為資金借貸合同)，為確保合同執行，上陵牧業與華融信托簽訂《股權質押合同》為其提供擔保。其在工商局辦理了質押手續，取得《股權出質設立登記通知書》，基於同樣原因，2013年1月21日，上陵牧業的股東上陵集團、思瑞投資分別與華融信托簽訂《股權質押合同》，並辦理工商登記。
可能會引起股轉系統關註的問題：
可能會因股權質押產生糾紛和潛在糾紛，對公司持續經營能力造成影響，使得公司不符合“股權明晰，股票發行和轉讓行為合法合規”和“具有持續經營能力”的掛牌條件。
企業解決方式：
1，詳細闡述股權質押的來龍去脈，其僅系為集團正常借款提供擔保支持並非是轉讓特定股權獲得轉讓價款，並重點闡述相應股權質押履行了必要決策程序，權質押合法合規，程序符合規定。
2，說明從包括借款資金用途等關鍵條款滿足《特定股權收益權暨回購合同》約定的條件，不會觸發違約。
3，通過借款方上陵集團資產負債率、流動比率、速動比率、經營活動產生的現金流量凈額、凈利潤等盈利情況屬於企業無違約風險4，通過上菱集團獲取的殊榮，如： 2013 年國家工商總局授予“ 2011-2012 年度守合同重信用企業”稱號，連續四年獲得自治區工商局“ 2009-2012 年度守合同重信用企業”稱號等說明企業具有較好的社會信譽度，並且在銀行尚有未使用的授信額度，說明企業具有依約履行回購義務的能力，不能按時支付回購款的可能性極小。
總結：
解決方式系首先闡述具體情況，然後就股轉系統關註的可能因違約造成的股權不穩定問題，重點根據對上陵集團償債能力分析，不會因股權質押產生糾紛和潛在糾紛，也不會因股權質押對公司持續經營能力造成影響，不會對公司構成本次掛牌的實質性障礙，公司符合“股權明晰，股票發行和轉讓行為合法合規”和“具有持續經營能力”的掛牌條件。