雙邊投資協定顯然是壹把雙刃劍，發展中國家從雙邊投資協定中獲取的是潛在的利益，這些利益能否實現很大程度取決於發展中國家自身的經濟發展狀況和現實條件，但是雙邊投資協定給發展中國家帶來的威脅和挑戰卻是實實在在的，接受發達國家的雙邊投資協定對於發展中國家的挑戰主要包括：（1）給予外國投資者或公司事先設立的權利將嚴重偏離大多數發展中國家現有的對外資管理的政策和措施。事先設立的投資權利規定意味著即使沒有進入東道國的外國投資者同樣有權利參與各種形式的投資。東道國不得不降低或放棄對外國投資資格審查、批準或者進入資格約束的權力，破壞東道國已有的外資管理法律，限制東道國政策的自由度和空間，甚至侵害東道國的主權。（2）外國投資者享有國民待遇，東道國只能給予外國投資者相對於本土投資者同樣或者更好的待遇和權利，限制東道國對本土投資者給予的優惠待遇，限制東道國對本土幼稚產業的扶植和培育。（3）東道國許多已有的“履行要求”（performance requirement）將被迫放棄，比如要求外國投資者與東道國本土企業建立合資企業、要求外國投資者技術轉移、要求使用本國原材料及零配件等投資措施將被廢除。除了在協定中規定的例外條款之外，外國投資者可以在所有行業自由設立100%控股的獨資企業。（4）東道國不能對外國的投資者資金的流入和流出做出限制，在雙邊投資協定下，如果投資者認為由於東道國政策的限制和變動使其權力遭受損失可采用征收條款起訴東道國政府。外國投資者資金自由無限制轉移會破壞東道國金融體系的穩定性，增大金融危機爆發的潛在風險。在危機出現時，無法限制外國投機基金及工具進入以及限制資金的對外轉移。在美國新加坡簽署的雙邊投資協定中，新加坡希望對短期投機資金的自由轉移條款列入例外，而美國則不同意，雙方妥協的結果是只允許新加坡將幾種特定類型的資金自由轉移列入例外。（5）投資協定幾乎涵蓋了所有的行業。在美國參與的投資協定中包括服務行業，在市場準入方面，美國的雙邊投資協議采取的是“反向列舉法”（Negative list approach），即只要沒有例外列出的行業，都是東道國需要采取完全自由化政策的行業。這壹政策對發展中國造成的負面影響包括：a. 行業自由化進程的壓力很大；b. 發展中國很難完全意識或考慮到那些不願意履行自由化措施的行業或者細分的行業需要列入例外條款。c. 發展中國家無法預測將來那些行業更需要本土發展而不是采取自由化措施並且壹旦接受自由化措施的行業將來無法反悔。d. 發展中國家對未來可能出現的壹些新興行業無法預測，因而也不能夠將其列入例外條款。(6)發展中國家政策會受到禁止征用（prohibiting “expropriation”）和投資爭端解決機制的約束。美國的雙邊投資協定對征用的範圍包括直接和間接征用，尤其是後者，東道國采取經濟社會發展、健康或環境保護等方面的政策措施都可能被認定對外國投資者產生了間接的財產征用。而爭端解決機制包括外國投資者對東道國政府的直接起訴機制。這兩項條款的不利影響主要有：a. 東道國不能夠采取可能對外國投資者資產產生間接征用的措施；b. 即使東道國認為壹項政策並不會產生征用作用，但由於擔心受到外國投資者的起訴，而不願意出臺不受外國投資者歡迎的相關政策。c. 從雙邊投資協定解決爭端的實際案例來看，（比如美國、加拿大、墨西哥自由貿易協定簽署後出現的相關案例）外國投資者在國際法庭對東道國政府的直接起訴機制可能會使東道國遭受巨額的經濟損失。(7)投資協議中知識產權同樣被列入了投資的範圍，當外國投資者認為自身的知識產權遭受侵犯或者間接征用時，就可以采用投資協議中的相關條款要求東道國做出賠償或者直接起訴東道國政府。