（壹）意義重大，目標先進。包括：在國內有較強的研究工作基礎和優勢，近期可望取得重大突破，達到國際先進水平的前沿性基礎研究；或具有重大應用前景，近期可能對科技、經濟、社會發展做出優異成績的應用基礎研究；或以關系國計民生的重大自然科學問題為目標，發揮我國自然條件和自然資源特點，具有中國特色的基礎性研究；
（二）要有總體思想和清晰、可檢查的目標，課題之間研究內容須是有機聯系，能夠發揮跨學科、跨單位合作研究的優勢；
（三）要有創新的學術思想和研究方法，先進、合理、可行的研究方案和必要的實驗研究條件；
（四）要有學術水平高、組織能力強的學術帶頭人和相應的學術梯隊，形成國家水平的研究隊伍，有利於高級科研人才作用的發揮和中青年學術帶頭人的成長。第三條 重大項目要少而精，規模適度，所含子課題不宜太多。資助強度平均每項200萬元，研究年限壹般不超過5年。所需經費從國家自然科學基金中劃出適當比例，專款專用。第四條 重大項目的組織應以國家“中長期科學技術發展綱要”和科學技術工作的戰略布局為指導，註意與國家基礎性研究重大項目計劃、國家高技術研究發展計劃以及國家科技攻關計劃的協調和銜接，註意與國家重點實驗室、部門開放實驗室的研究工作相互配合，充分發揮現有儀器設備的作用。第五條 重大項目采取在專家建設基礎上統壹規劃，在項目指南引導下定向申請，在同行評議基礎上逐項論證，自下而上、自上而下相結合的辦法，有計劃、有步驟地組織實施。第六條 重大項目的評審，要貫徹“依靠專家，發揚民主、擇優支持、公正合理”的原則，保證決策的科學化、民主化，增強透明度。第七條 要把競爭機制貫穿於重大項目的申請、評審、管理全過程，強化資助項目的檢查管理。第二章 立項第八條 有關科學家個人或集體及有關部委，均可根據國家“中長期科學技術發展綱要”和國家自然科學基金委員會（以下簡稱基金委員會）組織重大項目的戰略設想與要求，提出重大項目立項的建議，亦可在優秀的面上項目、重點項目的基礎上，或在已經完成並取得了重要成果，有待進壹步深入和擴展的原重大項目基礎上，提出立項建議。第九條 所有立項建議均需具有高級專業職務的專家填寫《重大項目建議表》，經建議人所在單位加蓋公章後，壹式八份送基金委員會有關科學部。第十條 基金委員會有關科學部組織專家對立項建議進行篩選、綜合，並根據建議的重要性、迫切性、先進性、可行性和經費的可能，分期分批地提出重大項目立項計劃草案（跨科學部的項目由委組織協調），經委務會議審議後，提請基金委員會全委會批準。第十壹條 經基金委員會全委會批準立項的重大項目，根據其組織工作的成熟程度，通過重大項目指南，分批分年度公布項目的名稱、主要研究內容、關鍵科學問題、研究目標和課題構成等，引導科技人員定向申請。第三章 申請與評審第十二條 凡有能力、有條件承擔重大項目的全民所有制單位的科技人員，均可根據公布的項目內容和目標，對重大項目所屬課題提出申請。申請書格式、填報要求與國家自然科學基金自由申請項目相同，並在封面左上角標明“重大項目”字樣和所屬重大項目的名稱。第十三條 課題申請書經基金委員會有關科學部初審後，按所屬重大項目歸類，送同行專家評議，擇優遴選重大項目及其所屬課題的學術帶頭人和參加者。未經同行評議的課題和申請者，不得進入重大項目。第十四條 基金委員會有關科學部根據同行專家評議結果，就重大項目課題構成、研究隊伍、經費框算等問題與選定的學術帶頭人和參加者研討、協調、組織填報《重大項目聯合申請書》。