第壹，兩者的投保對象不同。城鎮醫保主要是針對有城鎮戶口的居民；新農合是只有農村戶口的居民才能參保。
第二，支付方式的不同。目前城鎮居民醫保可以由城鎮居民自主繳納，繳納壹年後可以享受壹年。但有些地方的新農合要求全家參保，否則報銷會受影響。甚至在壹些地方，家庭成員生病住院，未參保的家庭成員必須繳納未參保的社保費後才能報銷。
第三，報銷渠道不同。城鎮醫保報銷在居民居住的社區醫保科，新農合必須到鄉鎮所在的農合組織。
第四，報銷比例不同。很多地方已經開始實施統壹城鎮居民醫保和新農合的政策，新農合的報銷比例也在逐步接近醫保的報銷比例。
壹、城鎮居民醫療保險申請流程:
1，城鎮居民到當地勞動和社會保障管理處或社保局。
2.業務辦理完畢後，經辦人員打印《惠州市城鎮居民基本醫療保險費用增加核定表》，當場交給申請人。如果申請人發現任何錯誤或遺漏，必須在五個工作日內到經辦部門更正。逾期未辦理的，視為無差錯。
3.業務受理時間為每月1-24日，當月申報的業務從次月開始生效。當年7月1日至次年6月30日為壹個社保年度，壹次性繳納壹個社保年度的醫療保險費，每年6月1日至30日壹次性繳納下壹個社保年度的醫療保險費。
二、新型農村合作醫療招標流程:
1.按照政府組織引導、農民自願的原則，凡符合條件的家庭成員均可參加。每位參與者將提供壹張近期壹寸免冠照片。按時間要求到村委會登記，交納費用。
2.村委會負責填寫《新型農村合作醫療登記表》和《新型農村合作醫療大病統籌醫療證明》等基本信息，匯總本村參保人員，填寫《新型農村合作醫療花名冊》。
3、鎮(鄉)新型農村合作醫療管理委員會辦公室負責審核各村參保人員情況並出具醫療證明。
4、各鎮(鄉)新農合結算中心在規定時間內將參合人員名冊報區新農合管理委員會備案。
5、新農合證是壹人壹卡壹碼。診斷書由區新型農村合作醫療管理委員會辦公室統壹印制。鎮(鄉)新型農村合作醫療管理委員會辦公室資料齊全，蓋章有效，並負責發放。