（1）投資管理
投資方面包括權益類、固收類等資產的投資、研究、交易部門；根據募集資金來源不同，可以分為公募資金、專戶理財資金（包括社保養老金、年金等）。不同公司在部門結構設置上存在差異，但整體而言，均是通過全面、專業而深入的多角度研究，為投資提供可靠地決策依據，進而努力實現組合投資運作的收益目標。
（2）市場營銷
銷售方面包括公募基金營銷、專戶營銷等。其中，公募基金營銷主要是面向個人投資者和部分機構投資者通過直銷、代銷的方式，銷售公募基金產品。專戶營銷則是營銷客戶尤其是機構客戶將委外資金投資於專戶產品。
（3）產品研發
產品研發部門主要負責基金產品的設計，即根據基金市場的需求與未來發展趨勢、公司內部狀況進行產品設計與布局，完成相關的法律文件，進行基金產品的前期布局、上報監管及後續跟蹤服務等，要求對監管政策敏感、對市場具有前瞻性，同樣發揮著重要作用。
（4）風險合規管理
風險管理部門主要是制定和監督執行監管要求及公司內部的風險控制政策，根據市場變化對基金的投資組合進行風險評估，並提出風險控制建議，進而對於基金財產的安全提供較好的保障。另外，監察合規等部門則負責監督檢查基金和公司運作的合法、合規情況及基金管理公司各項規章制度的執行情況。
（5）基金運作
基金運作部門負責基金的註冊與過戶登記、基金會計與結算。壹方面主要是基金清算，包括賬戶開設、申贖等交易申請與份額清算、賬戶資金劃轉及會計記錄等；另壹方面主要是基金會計，包括記錄並核算基金資產的運作，與托管行對接投資交易資金劃轉指令，建立基金資產會計檔案並歸檔。
除此之外，基金公司的有效運作也需要人力資源、行政綜合、信息技術、財務部等後臺部門進行支持。