(壹)收付實現制會計存在制度缺陷，不能反映基本醫療保險基金活動的真實結果。《社會保險基金會計制度》第四條規定，社會保險基金會計核算采用收付實現制，會計記賬采用借貸記賬法。基本醫療保險基金是社會保險基金的重要組成部分，這意味著基本醫療保險基金的核算只能采用收付實現制。這主要是由於醫保基金將納入國家社會保障預算，以實際收到或支出的款項作為確認標準，能夠真實反映國家社會保障預算的收入、支出和結余情況，防止社會保障預算的虛收、虛支現象。在我國醫療保險基金核算的早期，其核算主要是記錄基金的收入、支出和結余。收付實現制能夠真實反映醫保基金的實際收支情況，在當時也是適用的。但是，隨著我國醫療保險制度的不斷完善，醫療保險基金的核算不僅僅是基金的收入、支出和結余，還包括基金的監督管理、保值增值等。參保人、監督機構、管理機構也希望獲得更全面、真實的財務信息，如基金籌集是否及時、足額，使用是否合理等。但是，以收付實現制為基礎的會計核算只能反映醫療保險基金的實際現金收入和支出，而不能反映那些尚未支付的應收保費和尚未支付的債務(借款利息、個人賬戶應計利息)。這些“隱性債權”和“隱性債務”在醫保基金的會計核算和報表中得不到體現，無法準確記錄和反映基金的資產、負債和運行情況，不利於防範基金支付風險。
(2)會計科目設置與會計報表填列要求不壹致。
在社會保險基金會計制度中，轉入項目設置在基本醫療保險基金的資產負債表和收支表中，用於反映尚未確定的基本醫療保險保費收入和利息收入。與基本醫療保險統籌基金和醫療保險個人賬戶基金處於同壹核算序列，與待轉移的保險費收入和利息收入具有對應關系。但會計科目表中未設置“待轉基金”科目，導致醫療保險基金賬戶設置與會計報表填列脫節，導致醫療保險基金會計報表表內及表間相關數據勾稽關系不清，不便於用戶正確理解會計報表。
(C)年末尚未確定的基本醫療保險保費收入和利息收入的會計處理方法需要改進。
《社會保險基金會計制度》第四章第二條的核算方法為:對年末尚未確定的醫療保險費，按經驗比例劃分基本醫療保險統籌基金和個人醫療保險基金，借記“待轉保費收入”/“待轉利息收入”，貸記“基本醫療保險統籌基金收入”和“個人醫療保險基金收入”，明年年初沖銷相反分錄。“待轉保險費收入”和“待轉利息收入”月末余額反映尚未確定的醫療保險費和利息收入，年末應無余額。筆者認為，如果將年末未確定的醫療保險費收入和利息收入按經驗比例計入基本醫療保險統籌基金和醫療保險個人賬戶基金，會虛增基本醫療保險統籌基金和醫療保險個人賬戶基金的年末數，違背了財務數據真實性原則的要求；另壹方面，作為收入科目的“待轉保險費收入”和“待轉利息收入”的余額應轉入資金科目集中反映，月末、年末不應有余額。
(四)未提出基本醫療保險個人賬戶基金實際余額與賬面余額的差額。
在實際工作中，基本醫療保險個人賬戶基金按照初始比例的賬面余額不可能很準確，因為部分職工可能因死亡等原因退保，職工從退保後的當月起不再繳納醫療保險費，經辦機構必須相應調整退保職工的個人賬戶余額， 這必然導致基本醫療保險個人賬戶基金的實際結余與賬面結余之間存在差異，在某些統籌地區年度差異可能會非常大。 而現行的社會保險基金會計制度並沒有對這種財務現象提出相應的會計處理方法，存在制度盲區，使得經辦機構在結轉年度時只能根據經驗和需要進行賬務調整，導致各經辦機構會計處理方法不壹致，不便於檢查考核。
(E)會計報表中“待轉資金”項目的填列方法需要改進。
《社會保險基金會計制度》在編制基本醫療保險基金收支表時，對轉入項目說明如下:轉入項目反映尚未確定的基本醫療保險保費收入和利息收入，本科目期末貸方發生額根據轉入的保費收入和利息收入項目指1至165438。實際上，“待轉保險費收入”和“待轉利息收入”的貸方發生額包含了可確定和不可確定的醫療保險費收入和利息收入，使得“待轉基金”的核算內容和填列要求相互矛盾。此外，在資產負債表中，《社會保險基金會計制度》還設置了“待轉基金”科目，以反映尚未確定的基本醫療保險保費收入和利息收入，並提出本項目應根據“待轉保險費收入”和“待轉利息收入”科目的期末余額由1填列至1+0。兩張報表中“待轉資金”反映的核算內容不合理，填寫的金額應該是相同的，但填寫方式的不同必然導致兩張報表中“待轉資金”填寫的金額不壹致。因此基本醫療保險基金收支表與資產負債表之間的核對關系是矛盾的。