第壹條 為規範和加強國家自然科學基金重大項目(簡稱重大項目)管理。根據《國家自然科學基金項目管理規定》（以下簡稱《規定》），結合重大項目資助工作特點，制定本辦法。
第二條 重大項目要瞄準國家目標，把握世界科學前沿，根據國家經濟、社會、科技發展的需要，重點選擇具有戰略意義的重大科學問題，組織學科交叉研究和多學科綜合研究，進壹步提升源頭創新能力。重大項目主要資助：
（壹） 科學發展中具有戰略意義，我國具有優勢，可望取得重大突破，達到或接近國際先進水平的前沿性基礎研究；
（二） 國家經濟發展亟待解決的重大科學問題，對開拓發展高新技術產業具有重要影響或有重大應用前景的基礎研究；
（三）圍繞國家可持續發展戰略目標或為國家宏觀決策提供依據的重要基礎性研究，以及具有廣泛深遠影響的科學數據積累等基礎性工作；
（四）基金面上、重點項目多年資助基礎上凝練出來的、需加大資助力度可望取得重大突破的重大科學問題。
第三條 申請重大項目須具備以下條件：
（壹）明確的研究目標、創新的學術思想、合理可行的研究方案、厚實的研究工作基礎和良好的研究條件，以及近期可望取得重大突破的研究前景；
（二）針對壹個綜合性科學問題，由緊密圍繞項目總體目標相互配合、有機聯系的課題組成。課題設置不宜過寬，參加單位和人員不宜過多；
（三）有學術造詣高、組織能力強、能率領研究隊伍開拓創新的學術帶頭人和相應的研究梯隊，形成國家水平的研究隊伍，有利於促進人才培養及中青年學術帶頭人的成長。
第四條 重大項目研究期限為四至五年。自然科學基金委鼓勵開展高等學校、科研院所、產業部門的聯合研究，並積極爭取與有關部委、地方政府、企業聯合資助重大項目。
第五條 重大項目的組織以國家基礎研究發展綱要和中長期規劃為指導，註意與國家重點基礎研究發展規劃項目等國家其他科技計劃的協調與銜接，重視發揮國家科學中心、國家工程中心、重大科學工程、國家重點實驗室等重要研究基地的作用。
第六條 重大項目按統壹規劃，分批立項；指南引導，定向申請；同行評議，逐項論證；動態管理，專家驗收等方式組織實施。