壹、縣級以上公立非營利性醫院(以下簡稱醫院)執行本辦法。
藥品收入占醫院業務收入30%以下的農村衛生院、民辦非營利性醫院、社區衛生服務機構、診所和醫院，僅經銷經省級衛生藥品監督部門批準的常用和急救藥品的，不執行本辦法。
二、醫院應嚴格執行《醫院財務制度》和《醫院會計制度》。分別核算醫療收支和藥品收支。在嚴格界定各項業務收入性質的基礎上，醫院應將各項業務收入分別計入醫療收入和藥品收入。醫療服務和藥品配送的直接成本應分別計入醫療支出和藥品支出。醫院管理費用應按制度規定分攤到醫療費用和藥品費用中。要按照有關規定嚴格控制費用支出，嚴禁平攤費用、擴大成本。衛生行政部門應加強對醫院成本核算管理的監督檢查。
三、醫院藥品收入扣除藥品支出後的凈收入為藥品收支的余額，實行收支兩條線管理。醫院藥品收支結余上繳衛生行政部門，統壹存入財政和社會保障基金專用賬戶。經審查，應當統籌安排，合理返還。
四、衛生行政部門根據醫院上報的會計報表核定醫院藥品結余支付金額。具體核定方法可根據醫院的功能和用藥特點進行分類，分別計算藥品收支平均余額率，確定藥品收入比例，據此核定各醫院藥品收支結余金額；也可以根據各醫院的實際藥品余額來核定。
五、衛生行政部門集中的藥品結余資金，主要用於彌補醫院的醫療費用和發展建設，也可根據需要用於社區衛生服務和預防保健。在核定退費額度時，要考慮中醫醫院、民族醫院和壹些專科醫院的特點，給予照顧。具體辦法由各地自行確定。
用於彌補醫療費用的資金總額根據不同類型醫院的醫療收入和退休人員經費(來自財政補貼)減去醫療費用確定。我們可以根據不同類型醫院的醫療收支平均損失率計算確定醫療收入返還的統壹比例，也可以根據不同類型醫院的業務工作量計算確定單位業務返還的統壹定額，結合考核核定各醫院的返還額度。考核的主要依據是醫院會計報表和相關資料。考核的主要內容是醫院藥品收入占業務收入的比重、平均門診費用、平均住院床日費用等。衛生行政部門應根據藥品收支管理範圍，制定具體考核辦法，對醫院進行考核。
用於醫院開發建設的資金要按項目管理。根據區域衛生規劃要求，充分考慮區域內不同類型、不同層次醫院的功能、學科發展和技術進步，通過項目論證統籌安排財政專項補助。
用於社區衛生服務和預防保健的資金，可按彌補醫療費用後不超過藥品收支結余的10%提取，可實行項目管理。
六、醫院藥品余額季報。用於彌補醫療費用的資金按季返還，用於醫院開發建設、社區衛生和預防保健的資金根據項目支出的實際需要壹次或分次撥付。
醫院季度會計報表上報、核定上交金額、藥品收支結余上交、財政專戶存款、返還醫院等具體工作時間，由衛生行政部門根據高效、及時的原則，與財政部門協商確定。
七、衛生部門、工業等部門的醫院和軍隊、武警醫院向社會開放部分的藥品收支按財政隸屬關系和屬地管理相結合的原則進行管理，具體管理辦法由省級衛生、財政部門根據區域衛生規劃原則商有關部門確定。
衛生部、國家中醫藥管理局、教育部所屬醫院藥品收支平衡按財政隸屬關系管理；京外附屬醫院委托醫院所在地衛生、財政部門管理，與當地醫院統壹考核，資金統壹管理。上交的藥品收支結余資金，除按當地規定用於社區衛生服務和預防保健外，按照第五條的原則返還上述醫院。
衛生、財政部門在安排受托醫院開發建設返還資金時，應征求醫院上級衛生部門的意見，並將考核結果和資金分配情況報醫院上級衛生行政部門備案。
八、藥品結余的會計處理。醫院上交藥品收支結余時，借記“結余分配——待分配結余”科目，貸記“銀行存款”科目。收到退款時，應按用途分別核算:為支付醫療費用，借記“銀行存款”科目，貸記“結余分配——待分配結余”科目；醫院開發建設，借記“銀行存款”科目，貸記“專用基金”科目。
九、醫院必須在規定時間內支付藥品收支差額，逾期不支付者，按違反財經紀律處理。藥品收支集中結余資金應全部用於衛生事業，任何部門不得以任何理由截留或挪作他用，也不得沖減預算撥款。衛生、財政部門要按規定及時退貨，無故拖延退貨時間的要追究責任。
十、本辦法自2000年7月1日起執行。衛生部、財政部印發的《醫療機構藥品單獨核算管理暫行辦法》(衛規財發[1999]552號)同時廢止。
本辦法由衛生部和財政部負責解釋。
附:名詞解釋計算參考公式
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