2003年，余彭年與中國工商銀行深圳分行簽訂信托監管合同。根據這份協議，銀行將安全保管余彭年的慈善資產，並監督其使用。
”余彭年是2007年《時代》周刊評選的“全球14慈善家”之壹，和他壹起上榜的唯壹中國人是華人首富李嘉誠。從2006年到2010，他連續五次登上胡潤中國慈善榜榜首，幾年來累計捐款62億元，被譽為中國最慷慨的慈善家。
2010年4月22日，胡潤研究院發布胡潤慈善榜2010，這也是胡潤研究院連續第七年發布胡潤慈善榜。余彭年慈善基金會的資產價值達到82億元，成為中國第壹個資產超過10億美元的民間慈善基金會。
88歲的余彭年宣布，他剩余的全部資產，共計32億元，將全部投入“余彭年慈善基金會”。基金會總價值已達82億元(93億港元)，包括兩部分:第壹部分為銀行存款17億元；第二部分是余彭年在香港和深圳的物業，估值65億元，其中深圳物業估值50億元，包括彭年酒店和大鵬灣別墅。余彭年的捐款數額加上其銀行存款和香港房產的價值，共計32億元。
余彭年說:“這是我最後壹次捐款。這些財產將不再用於投資、繼承或出售，目的只有壹個，就是慈善。”2008年，胡潤慈善榜已經按照30億元將余彭年的深圳房產納入其個人慈善，因此其增值部分不在其中。至此，余彭年五年捐贈62億元，第五次位列中國最慷慨慈善家。
2014年6月4日，余彭年在深圳召開新聞發布會。宣布未來6-8年斥資20億元在國內20所高校設立獎學金，並捐贈14億元在貧困地區開展免費白內障手術。他表示，這個教育慈善項目將沿用港臺地區的捐贈模式，希望受捐學校積極向教育部門申請配套資金，如余彭年捐贈6543.8億元，教育部也將給予6543.8億元作為專項獎學金。
這是余彭年首次在教育領域進行大規模捐贈。在發布會上，他表示將捐出自己有生之年積累的全部財富，實現“裸捐”的承諾。
“計劃是遵守我的承諾，在六到八年內把剩下的錢捐出去。”他說。據傳，余彭年的資產都是委托給銀行的，他的兒子和孫子都無法從銀行拿到錢。
2015年5月2日，余彭年在深圳去世。5月5日，彭亞凡、彭、徐斌(余彭年慈善信托首席顧問)作為余彭年生前指定的余彭年信托的權利人，簽署了壹份聲明，聲明中寫道:“我們壹定按照余彭年先生生前的指示，將其名下資產的所有權100%轉讓給余彭年信托，作為余彭年的家屬和財產受益人，我們壹致同意放棄該財產的繼承權，以兌現余彭年生前‘裸捐’的承諾2006年，“彭年光明行動”在全國17個省份實施了3萬多臺白內障手術，讓3萬多名貧困白內障患者重見光明。2008年，“彭年光明星”以中國醫療車隊的形式遠赴蒙古、朝鮮、越南、老撾、柬埔寨，為周邊國家的白內障患者進行免費復明手術。2006年，黑龍江省政府授予他丁香紫荊花金獎，吉林省慈善總會授予他“感動吉林慈善特別貢獻獎”，中國生產力學會、構建和諧社會與企業、社會責任論壇組委會授予他2006年度企業社會責任建設貢獻獎。在胡潤2006年中國慈善排行榜上，余彭年以20億元的捐贈額位列第壹。
在2009年CCTV中國經濟年度人物評選中，余彭年獲得中國經濟人物公益獎，是兩位社會公益獎獲得者之壹。2013年7月，余彭年接受《華商》專訪時說:“我還有壹個願望，希望在有生之年賺夠100億，捐夠100億。”