耕地開發專項資金的來源包括:
(壹)耕地開發專項資金；
(二)基本農田發展基金的80%；
(3)土地閑置費；
(四)按規定用於耕地開發的其他土地收入。第三條耕地開發專項資金按照預算外資金管理，專戶儲存，專款專用，收支兩條線。據此，設立“耕地開發專項資金”、“基本農田開發基金”、“土地閑置費”、“其他收入”等科目，由土地管理部門編制資金使用計劃，安排使用，並報同級財政部門審核撥付。任何單位和個人不得侵占或者挪用。
土地管理部門收取的耕地開發專項資金應使用省財政部門統壹印制的收費票據。第四條耕地開發專項資金的使用範圍包括:
(壹)支持單位或者個人開發耕地，擴大耕地面積；
(二)連續開墾新耕地所必需的基礎配套設施建設；
(三)編制耕地發展規劃和年度計劃，保護和管理基本農田；
(四)農業綜合開發項目耕地開發配套資金主要用於大中型沿海圍墾項目，擴大耕地面積。第五條非農業建設使用耕地的單位和個人，除符合《福建省耕地開發管理辦法》第七條規定外，還應當按照下列標準，根據實際占用耕地面積，壹次性繳納耕地開發專項資金；
(壹)水田每公頃45000元；
(2)旱地每公頃3萬元。第六條耕地開發專項資金由市、縣(區)土地管理部門征收。經批準使用耕地進行非農業建設的單位和個人，應當憑市、縣(區)土地管理部門核定的繳款數額和出具的繳款通知書，在規定的期限內向指定銀行繳納耕地開發專項資金。未繳納耕地開發專項基金的，土地管理部門不得辦理用地手續，各級政府不得批準用地。第七條耕地開發專項資金，實行省、地(市)、縣(市、區)土地管理部門分成三級。縣(市、區)土地管理部門於每月5日前將上個月征收的耕地開發專項資金15%上繳省土地管理部門，15%上繳地(市)土地管理部門；地級市直接收取的耕地開發專項資金應於每月5日前20%上繳省土地管理局，主要用於組織復墾和耕地集中連片開發。第八條非農建設項目確需使用基本農田保護區內耕地的，除繳納耕地開發專項資金外，還應當在辦理基本農田使用證時，按照本辦法附表規定的標準，向省級土地管理部門繳納基本農田開發基金。第九條省土地管理部門收取的基本農田發展基金的80%由土地管理部門用於耕地開發。20%由農業部門安排改造中低產田(具體使用和管理辦法由農業部門和財政部門制定)。
按照規定，80%的耕地分為省、地(市)、縣(市、區)土地管理部門三級，其中縣級占60%，省(市)級占20%。各地州(市)、縣(市、區)國土部門分成，由省土地管理局於每月5日前將上月收取的基本農田開發基金回撥到相應的地州(市)、縣(市、區)。第十條非農建設批準使用耕地，超過法定期限未使用的，由當地市、縣(區)土地管理部門按照下列規定向用地單位或個人收取土地閑置費:
(壹)違反《福建省基本農田保護條例》，超過壹年未使用土地的，按每年每平方米5元至10元收取。
(二)違反《福建省國有土地使用權出讓和轉讓辦法》，未利用土地延期壹年的，按出讓金總額的10%收取；兩年不使用土地的，每年按出讓金總額的20%收取。
(三)違反《福建省劃撥土地使用權管理暫行辦法》，未利用土地延期壹年的，在批準延期之日按標定地價的5%收取；未利用土地延期兩年的，每年按批準延期之日標定地價的10%收取。
(4)違反《福建省外商投資開發經營成片土地管理暫行辦法》閑置土地半年以上不滿壹年的，按土地出讓金總額的10%計收；土地閑置壹年以上不滿兩年的，按土地出讓金總額的20%收取。
同時違反前款兩項以上規定的，按照標準最高的規定收取土地閑置費。