股權基金計算年度管理費看似相近，都在2%-3%之間，但實際上並不相同。有的以實繳出資額作為計算基數，有的按認繳出資額計算，有的直接安排了各個年度的管理費點數，也有的更為復雜壹些。以下是筆者比較了幾個知名基金關於管理費基數的規定。
基金具體約定評價A基金合夥企業每年按其總實繳出資額的2%向管理人支付管理費。
按實繳出資額繳納管理費在基金以ON-Call的募集機制下，在最初資金未全部到位之前，GP收取的管理費偏少，但在出資額全部投出去之後，GP收取的管理費偏高。
B基金甲方在前三年的委托期內，管理年費為委托資金總額的2.5%；第四年的管理年費為2%;後3年的管理年費為委托資金總額的1.5%。
這種約定考慮到了基金因對外逐步投資故在後期管理的資金將逐漸減少的因素。收取管理費的點數從2.5%逐步降低到1.5%。
C基金管理費用計提標準*2.5%/年,初始費用計提標準=認繳出資額；當有項目退出時,費用計提標準調整為:初始費用計提標準-退出項目的對應初始投資額
這種約定也考慮到了後期管理資金減少的因素，同時采用比較量化的方式計算後期實際管理資金的數量。
D基金投資期內，有限合夥按其總認繳出資額的2.5%/年支付管理費，投資期後，按有限合夥持有項目的取得成本總額的2.5%/年支付管理費，但最低不低於1000萬元。
在壹定的投資期內按固定的比例收取管理費，超過投資期後則根據項目對應的投資成本收取管理費。也考慮到了後期管理資金減少的因素，以及管理資金規模與實際投資成本的差異。
管理分紅，方式不同
q 第壹種方式：整體分配，先回本再分利
私募股權基金投資的項目不可能個個盈利。盈利的項目若先行按“二八”原則分配，如遇到項目虧損則可能導致某個項目的投資本金無法全部收回。為了確保分配給GP的投資收益為凈盈利，許多基金約定投資本金必須先回收，確實有了盈利才能分配給GP管理分紅。這種分配方式也稱“先回本再分利”，這種分配方式更為傾向保護LP的利益。在此種情形下GP盈利的周期顯然要推遲了。
例如某有限合夥協議就利潤分配約定如下：“在經營期限內應先回收本金，也即普通合夥人在基金全部回收實際出資額（本金）之後方可提取管理績效分成。也即當基金實際取得的現金收入超過基金實際出資額（本金）後，普通合夥人有權按照下列計算方式參與分配投資項目增值部分純利作為其業績獎勵：
期內業績獎勵 = 基金純利 X 20%
基金純利= 基金現金收入－基金實繳出資額”
q 第二種方式：按單個項目分配，預留保證金
按單個投資項目分配，同時GP將其取得的管理分紅的部分預留在股權基金中作為保證金，在其他項目虧損時用於回撥補虧，也是股權基金中壹種比較常見的分配方式。預留作為保證金壹般占管理分紅的40-50%。
例如：某有限合夥協議約定：“當某個投資項目實現退出，且該項目收入超過項目成本×（1＋8%×該項目的投資年數）時，即對超出部分的20%計提為對普通合夥人的業績獎勵，其中50%部分可以予以實際分配，另外50%作為風險準備金留存於本企業並專戶管理，在合夥企業存續期滿時用於業績獎勵清算的差額補償。”
q 第三種方式：按單個項目，並核算單個項目成本
也有個別基金按單個項目分配，但同時核算並扣除單個項目的投資本金、管理成本和之前虧損項目確認的本金虧損部分。
例如某有限合夥協議約定，“對於基金可分配資金中的項目投資收入，應扣除i基金已退出項目的投資本金中按出資比例計算由該有限合夥人承擔的份額；ii此前普通合夥人已經確認的基金持有的虧損項目投資本金損失中按出資比例計算由該有限合夥人承擔的份額；iii該有限合夥人實際出資額中分攤到該項目的管理費用。然後，20％分配給普通合夥人，80％在有限合夥人之間按實際出資比例分配。”