首先，水利基金並不是按本月銷售收入計提，而是按照上年銷售收入或營業收入的0.6‰征收，按月繳納。對於上年無銷售收入或營業收入的企業，可按今年實際實現的銷售收入或營業收入按月計征水利基金。
其次，凡有銷售收入和營業收入的企事業單位和個體經營者，按其上年銷售收入或營業收入的0.6‰征收地方水利建設基金，收入指各種收入。
水利基金是用於水利建設的專項資金，由中央水利建設基金和地方水利建設基金組成。中央水利建設基金主要用於關系國民經濟和社會發展全局的大江大河重點工程的維護和建設。地方水利建設基金主要用於城市防洪及中小河流、湖泊的治理、維護和建設。跨流域、跨省(自治區、直轄市)的重大水利建設工程和跨國河流、國界河流我方重點防護工程的治理費用由中央和地方***同負擔。
《水利建設基金籌集和使用管理辦法》第七條 水利建設基金收支納入政府性基金預算管理，實行專款專用，年終結余結轉下年度安排使用。各級水行政主管部門根據水利建設規劃，編制年度水利建設基金支出預算，經同級財政部門審核後，納入政府性基金預算。財政部門根據批準的水利建設基金預算和基金實際征收入庫情況撥付資金。其中，水利建設基金用於固定資產投資項目，要納入固定資產投資計劃。各級水行政主管部門根據年度水利建設基金預算執行情況，編制水利建設基金決算，報同級財政部門審核。
水利基金=不含增值稅的收入金額*當地執行的征收率。
不同地方實際執行的征收率可能會稍微有些差異的。計提水利基金的時候賬務處理是：
借：稅金及附加
貸：應交稅費—水利基金
實際繳納水利基金的時候賬務處理是：
借：應交稅費—水利基金
貸：銀行存款