基於我國地勘行業發展歷史的特殊性和當前國民經濟發展對礦產資源穩定供應的迫切需要。目前，我國礦產資源勘查運行機制基本采取公益性地質工作與商業性地質工作相分離的方式，其中公益性地質工作以財政支出為資金來源，貫穿於地質工作機制之中，其工作成果充分服務於社會；商業性地質工作則以市場競爭為主導，有政府的宏觀調控措施，投資多元化，勘查成果具有排他性和競爭性，遵循“誰投資誰受益”的原則；在壹些地質勘查程度低、勘查風險大的地區，國家戰略礦產勘查工作將得到財政支持。
中央政府在監督和指導礦產勘探活動方面發揮了重要作用。壹方面，中央政府改組了原有的計劃經濟體制，如地礦部，成立了國土資源部，統籌管理國土資源，並頒布了《礦產資源法》，組織力量搞好全國礦產資源合理利用規劃和區域礦產資源規劃，增加了規劃的調控作用；另壹方面，中央政府還通過地質調查項目、中央地勘基金等形式，積極開展戰略性礦產資源調查，直接為商業性礦產資源勘查提供支持和指導。1999以來，國土資源部和中國地質調查局通過國土資源大調查專項、戰略礦產遠景調查、國家危機礦山接替資源找礦、中央地質勘查基金(周轉金)等財政項目，對我國礦產勘查管理體制和運行機制進行了有效探索和實踐，取得了壹系列可觀的成果，形成了相應的管理辦法和運行機制。關於原地勘隊的安置問題，中央明確將原地質礦產部所屬地勘單位劃歸各省、自治區、直轄市。除保留部分精幹的地勘隊外，其余地勘隊全部實行地方管理，逐步實現企業化管理。
除中央政府外，各省、自治區、直轄市主管部門在《礦產資源法》和全國礦產資源總體規劃的規範和指導下，負責本行政區域內礦產資源勘查、開采的監督管理。
在礦產資源勘查的實際操作層面，重組後的原各級地勘隊伍，通過不斷完善體制機制，始終保持著我國礦產資源勘查主力軍的地位，為我國礦產資源戰略安全做出了重要貢獻。在改革探索中，原各級地勘隊將市場機制引入預算地質工作，實行地質項目管理；以開放地質市場為改革突破口，打破了完成國家指令性計劃的封閉體制，地勘單位開始進入社會市場，部分地勘勞動活動和地勘成果開始實現有償服務和有償轉讓；提出了“壹業為主，多種經營”的方針，有力地促進了多種經營的發展；圍繞“增強地勘單位活力”這個中心環節，著力改革管理體制；不斷完善計劃、財務、勞資、幹部人事制度和技術管理等方面的配套改革。
隨著社會主義市場經濟的不斷發展，國內外各行各業的礦業公司也紛紛進入我國礦產資源勘查領域，使我國傳統的單壹國家統壹投資轉變為國家、企業、外資多元化投資格局。同時，多元化資金的進入也盤活了原有的各級國有地勘隊伍，刺激了我國礦產資源勘查業的高潮，提振了探礦權市場。然而，壹個系統的社會資本風險資本市場尚未建立。上市公司壹般都是龐大的國企集團，小型民營資本只能與單獨的勘探項目或勘探公司合作。而海外公司主要通過海外風險資本市場籌集資金。
在我國礦產資源勘查機制中，活動主體是中央和地方各級政府，國有、民營和外資地勘公司是政府和企業。在實際操作過程中，政府和企業兩個主體通過資本、礦權和人力資源三要素的配置參與礦產資源的勘探，從而實現各自的目標。可以說，礦產資源勘查機制是政府與企業在礦產勘查上的壹種博弈規則。壹方面，政府希望實現國民經濟的穩定發展，另壹方面，企業希望實現其經濟效益的最大化。