1、疫苗等非治療性的項目不納入醫保報銷。當前我國的基本醫療保險制度還是立足於為群眾提供基本疾病治療保障，著力滿足群眾基本醫療需求，還沒有能力將支付範圍擴大到疫苗等非治療性的項目。
2、超出醫保基金承受能力。我國基本醫療保險籌資水平特別是城鄉居民醫保的籌資水平較低，2019年城鄉居民醫保人均籌資僅800元左右。而此次疫苗接種人數眾多，所需費用總額高，明顯超出醫保基金承受能力。
此外，新冠疫苗不納入醫保報銷不代表費用壹定需要自費。按照2019年12月1日實施的《中華人民***和國疫苗管理法》，我國將疫苗分為免疫規劃疫苗和非免疫規劃疫苗，免疫規劃疫苗由國務院衛生健康主管部門會同國務院財政部門等組織集中招標或統壹談判，各省、自治區、直轄市實行統壹采購，政府免費向居民提供，費用由公***衛生服務資金渠道負擔，不納入基本醫療保險基金支付範圍。非免疫規劃疫苗則需自費。
資料拓展：
在知情自願的前提下，居民接種新冠病毒疫苗所產生的疫苗費用和接種服務費用，將由醫保基金和財政***同負擔，個人不負擔。
國家醫療保障局副局長李滔說，通過主要動用醫保基金滾存結余和財政資金***同承擔新冠病毒疫苗及接種的費用，不影響當期醫保基金的收支，也不會影響公眾看病就醫的待遇。從長遠看，實行全民免費接種疫苗，有利於快速建立免疫屏障，維護正常的生產生活秩序和經濟社會的健康發展，從而進壹步促進醫保基金長期可持續運行。
國家衛生健康委員會副主任曾益新介紹，我們要求各地參照核酸檢測“應檢盡檢”的模式，由各級政府組織和安排費用保障，推進新冠病毒疫苗的接種，個人不承擔疫苗的成本和接種費用。從2020年12月15日以來，我國正式開展重點人群的接種工作，迄今為止，全國重點人群接種量已近750萬劑次，加上之前針對高風險人群接種的160余萬劑次，我國已累計開展新冠病毒疫苗接種900多萬劑次。