1、中國農業通史·近代農業卷（農業部，主持，1996－2002）
2、中國重大農業典籍的整理研究（國家科技部，主持，1999－2002）
3、中國農業遺產選集（6卷）（國務院古籍整理小組，主持，2000－2006）
4、中華大典·林業典森林培育與管理卷（國家林業局，副主編，2001－2003）
5、西部農業開發史（中國農業科學院科技基金，主持，2001－2003）
6、西部農業開發的歷史反思（國家社科基金，2001－2004）
7、中國農業遺產信息數據庫（中國農業科學院科技專項基金，主持，2002－2003）
8、中美農業科技交流與合作（教育部博士點基金，主持，2002－2004）
9、中國傳統農業科技數據庫建設（國家科技部，主持，2003—2004）
10、美洲作物在中國的傳播及其影響研究（國家社科基金，主持，2003-2005）
11、 西南西北傳統農具搶救與整理研究 （南京市科技局專項，2005）
12、 西北傳統農具搶救與整理研究 （中國農業科學院科技專項，2005）
13、中國農業科技遺產數字化保護與利用研究 （科技部社會公益研究專項，主持，2006-2008）
14、中國傳統農業科技信息數據庫建設（科技部科技基礎工作專項，主持，2006-2007）
15、《清史·農業誌》《清代農業經濟與科技資料長編》（麥、棉、園藝、畜牧、蠶桑、漁業等6卷）（戴逸主持國家社會科學重大工程）（2006-2007）
16、國務院重大文化工程《中華大典·農業典》（副主編，《水利分典》主編）
17、民國時期農業科技與教育投入研究 （主持） （農業部）（2005-2007）
18、美洲作物在中國的傳播及其影響研究 （主持）（教育部）（2006-2009）
19、《中國農學會史》（主持）（農業部及中國農學會）（2008年）
20、 中國古代重大農業發明創造名錄 （中國農學會， 2009-2011）
21、江蘇農業文化遺產調查研究 （江蘇省高校哲學社會科學基地重大招投標項目）（2010-2013）
22、中國農業文化遺產評估指標體系研究 （教育部科技基礎性研究研究專項）（2010-2014）
23、中國農業系統發展史 （農業部， 2010-2012）
24、 指南針計劃·農業部分 （國家重大文化工程，2010-2015）
25、《中國古農書集成》 主持 （全國古籍整理出版規劃領導小組重大項目，2011-2020）
26、 明清方誌物產數據庫建設 （教育部高校基本科研業務費重大項目，2012-2014）
27、清華大學·農業部農研中心重大項目《中國近現代農業與農村變遷研究》·晚清民國農業數據庫建設 （2012年）