自中央地勘基金啟動運行以來，社會各界特別是地勘行業十分關註，對《中央地質勘查基金(周轉金)管理暫行辦法》有不同認識和看法，在基金運行過程中遇到壹些障礙和困難，需要進壹步健全完善中央地質勘查基金運行機制。
中央地質勘查基金的設立是壹項新生事物，其管理和運行機制沒有現成的經驗可循，需要在實踐中不斷探索和完善。前提是必須準確把握設立中央地質勘查基金的定位和目標。《國務院關於加強地質工作的決定》中明確“建立礦產資源勘查投入良性循環機制”，“加大財政對礦產資源勘查的資金投入力度，註重發揮對社會資金的引導作用。國家建立地質勘查基金(周轉金)”，目的在於，壹方面是在地質勘查投入總體不足的情況下，以基金形式加大投入；另壹方面是通過基金加強重要礦產的前期勘查，適當提高工作程度，降低勘查風險，引導和拉動社會資金投資商業性礦產勘查，逐步形成多元的、良性循環的勘查投入機制，促進找礦突破，實施礦產資源(礦產地)戰略儲備。
在改革過渡時期設立中央地質勘查基金，既要堅持改革方向，又須面對社會現實。中央地質勘查基金是市場經濟條件下國家通過財政手段促進礦產勘查的壹項政策措施，基金運作要實現國家目標，其運作方式要符合市場機制要求，其運行機制的建立要遵循以下原則：充分體現國家的意誌；遵循地質找礦周期長、風險大的規律；按市場機制運作；基金保值增值，滾動發展；利益分配合理，有利於調動各方積極性；方便靈活，便於操作。
《中央地質勘查基金(周轉金)管理暫行辦法》總體上是按照財政專項管理引入市場機制的思路設計的。實行收支兩條線，項目立項、預算、資金管理完全按財政專項管理，項目組織實施引入市場機制，實行招投標、合同制以及項目監理等市場手段管理。運行壹年多來，做了大量基礎性工作，做了有益的探索和完善，建立了壹套項目立項和組織實施的辦法。
從壹年多來的試點情況看，這壹模式的運行管理存在難以克服的障礙和困難。壹是基金項目立項按照財政專項管理與項目組織實施的市場運作方式之間存在機制上的矛盾，基金管理機構同時承擔了預算項目申請人和項目合同管理壹方當事人的雙重身份，運行過程中不可避免地會出現各種阻滯和摩擦。二是現行的中央地質勘查基金管理辦法與國家有關礦產勘查開發管理的法規政策之間存在的不相協調和沖突的問題，形成基金運行的障礙。以基金項目收益分配為例，按照現行礦業權出讓收入繳庫程序和分成管理的規定，礦業權出讓必須就地全額繳入國庫並按照規定的分成比例自動分庫，致使《中央地質勘查基金(周轉金)管理暫行辦法》規定的地勘基金項目礦業權出讓收入預先扣除成本和項目勘查單位的收益後在中央和地方之間分成的做法難以操作。基金項目權益管理辦法也就難以出臺。據了解，由於處在基金運行關鍵環節的權益管理辦法遲遲不能出臺，直接導致了首批試點項目合作探礦權評估作價、合同簽訂、項目續做等壹些列工作無法開展，2008年項目立項工作也因此無法進行，對基金項目組織實施工作產生不良影響。三是目前的基金運行管理(財政專項預算管理)與國家其他地勘專項運行管理沒有本質上的區別，淡化了基金保值增值滾動發展的目標，有可能造成新的地質工作的重復，影響地勘基金的長遠發展和調控作用的發揮，進而失去了建立中央地質勘查基金的機制意義。
因此，建議完善中央地質勘查基金運行機制，改專項預算管理模式為基金管理運行模式。
建議中央財政向基金管理機構註入壹定額度的資本金(壹次性註入，或大體按1～2個找礦周期分年度註入)，由資金管理機構通過組織實施地質勘查工作負責保值增值，滾動發展。在主管部門的監督管理下，基金管理機構按國家規定的投資方向和市場機制進行投資運作，組織實施勘查項目。按照這個運行模式，制定勘查工作技術方面、財務方面配套管理辦法，使資源、資產、資本管理三位壹體，有機結合，形成礦產資源勘查投入良性循環機制，促進地質找礦突破，實施礦產資源(礦產地)戰略儲備。
(原載《國土資源部咨詢研究中心專家建議》2008年6月14日)